Введение by @backlin
Несколько простых графиков можно объединить в виде панелей на одной фигуре с помощью layout или par(mfrow=...). Однако более сложные сюжеты, как правило, настраивают собственную панель, внутренне отключая их от использования в качестве панелей. Есть ли способ создать вложенный макет и инкапсулировать сложный график в одну панель?
Я чувствую, что пакет grid может выполнить это, например. путем построения панелей в отдельных видовых экранах, но не смогли выяснить, как это сделать. Вот пример игрушки, чтобы продемонстрировать проблему:
my.plot <- function(){
a <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
plot.new()
par(mfrow=c(2,2))
plot(1:10, runif(10))
plot(hclust(dist(a)))
barplot(apply(a, 2, mean))
image(a)
}
layout(matrix(1:4, 2, 2))
for(i in 1:4) my.plot()
# How to avoid reseting the outer layout when calling `my.plot`?
Оригинальный вопрос от @alittleboy
Я использую функцию heatmap.2 в пакете gplots для создания тепловых карт. Вот пример кода для одной карты тепла:
library(gplots)
row.scaled.expr <- matrix(sample(1:10000),nrow=1000,ncol=10)
heatmap.2(row.scaled.expr, dendrogram ='row',
Colv=FALSE, col=greenred(800),
key=FALSE, keysize=1.0, symkey=FALSE, density.info='none',
trace='none', colsep=1:10,
sepcolor='white', sepwidth=0.05,
scale="none",cexRow=0.2,cexCol=2,
labCol = colnames(row.scaled.expr),
hclustfun=function(c){hclust(c, method='mcquitty')},
lmat=rbind( c(0, 3), c(2,1), c(0,4) ), lhei=c(0.25, 4, 0.25 ),
)
Однако, поскольку я хочу сравнить несколько тепловых карт в одном графике, я использую par(mfrow=c(2,2)), а затем вызываю heatmap.2 четыре раза, т.е.
row.scaled.expr <- matrix(sample(1:10000),nrow=1000,ncol=10)
arr <- array(data=row.scaled.expr, dim=c(dim(row.scaled.expr),4))
par(mfrow=c(2,2))
for (i in 1:4)
heatmap.2(arr[ , ,i], dendrogram ='row',
Colv=FALSE, col=greenred(800),
key=FALSE, keysize=1.0, symkey=FALSE, density.info='none',
trace='none', colsep=1:10,
sepcolor='white', sepwidth=0.05,
scale="none",cexRow=0.2,cexCol=2,
labCol = colnames(arr[ , ,i]),
hclustfun=function(c){hclust(c, method='mcquitty')},
lmat=rbind( c(0, 3), c(2,1), c(0,4) ), lhei=c(0.25, 4, 0.25 ),
)
Однако результат - это не четыре тепломассы на одном участке, а четыре отдельных тепловых карты. Другими словами, если я использую pdf() для вывода результата, файл состоит из четырех страниц вместо одного. Нужно ли мне менять какие-либо параметры? Большое вам спасибо!
