Разница между R MarkDown и R NoteBook

Я пытаюсь понять на высоком уровне, в чем различия между R Markdown и R NoteBook. Я знаю, что они взаимосвязаны, но я хотел бы выяснить, как они связаны. Мое понимание таково:

Я знаю, что R Notebooks - это действительно документы R Markdown, но я не совсем понимаю терминологию.

Опция нового файла RStudio включает R Markdown и R NoteBook и при выборе любого из них открывается файл R Markdown но с небольшими отличиями. Так что просто пытаюсь выяснить, почему есть два варианта и в чем разница между ними?

Я понимаю, что ноутбуки R были недавно представлены, и R Markdown был там некоторое время. Частично путаница может быть связана с тем, что я никогда не использовал R Markdown до появления R Notebook, поэтому мой связанный или более конкретный вопрос

Что делает R NoteBook иначе, чем просто использование R MarkDown или какие новые возможности дает R NoteBook?

Все мои хиты по поиску в Интернете указывают на то, что R Notebook использует R Markdown, но я не нашел никакой помощи в том, что конкретно отличается между ними.

Ответ 1

Насколько я понимаю и от моей установки нет никакой разницы в кодировании. Разница в рендеринге. Расширение файла такое же.

Когда вы создаете новый блокнот R, он добавляет html_notebook в опцию вывода в заголовке. Это разница. Затем вы можете быстро просмотреть рендеринг без необходимости его вязания. Он также обновляет предварительный просмотр каждый раз, когда вы сохраняете. Однако в этом предварительном просмотре у вас нет вывода кода (без рисунков, без таблиц..) (по крайней мере, в моей настройке). Без html_notebook в выводе нет кнопки предварительного просмотра

как вы можете видеть, отображаются параметры предварительного просмотра, но вы также можете связать его в любом формате, который вы хотите. Он добавит его в код заголовка, когда вы это сделаете.

Однако, если у вас нет этого html_notebook в заголовке, вы можете только связать свой код, чтобы увидеть, как он выглядит (вся книга) (пожалуйста, игнорируйте дополнительную опцию по умолчанию, которую я вставил с изображением)

и опция предварительного просмотра не отображается в раскрывающемся меню

В противном случае это работает так же. Для некоторых конфигураций по умолчанию вывод также скрыт по умолчанию в разделе кода.

Обратите внимание, что вы можете смешать несколько параметров вывода в заголовке, чтобы вы могли сохранить предварительный просмотр и сохранить параметры связывания для экспорта.

Ответ 2

Недавно я нашел этот пост, который разъяснил мне проблему R Markdown vs. R Notebook. http://uc-r.github.io/r_notebook

Вот несколько важных строк:

Написание документа R Notebook ничем не отличается от написания документа R Markdown. Синтаксис фрагмента текста и кода не отличается от того, что вы узнали из учебника по R Markdown. Основное различие заключается в интерактивности R Notebook. Прежде всего, при выполнении фрагментов в документе R Markdown весь код отправляется на консоль одновременно, но в блокноте R отправляется только одна строка за раз. Это позволяет остановить выполнение, если строка вызывает ошибку.

Кроме того, при создании R Notebook в RStudio имеется следующее:

Предварительный просмотр показывает вам визуализированную копию HTML содержимого редактора. Следовательно, в отличие от Knit, Preview не запускает никаких фрагментов кода R. Вместо этого отображается вывод чанка, когда он последний раз запускался в редакторе.

Надеюсь, что вы найдете ее полезной.

Ответ 3

Я друг RTFM: прочитайте прекрасные руководства. На страницах R Markudio на сайте RStudio имеется обширный материал.

Согласно http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html,

R Markdown обеспечивает авторскую структуру для науки о данных. Вы можете использовать один файл R Markdown для обоих

сохранить и выполнить код

создавать высококачественные отчеты, которые могут быть доступны для аудитории
R Markdown документы полностью воспроизводимы и поддерживают десятки статических и динамических форматов вывода.

http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-2.html говорит:

Когда вы открываете [R Markdown] файл в RStudio IDE, он становится интерфейсом для ноутбука для R.

И http://rmarkdown.rstudio.com/r_notebooks.html сообщает

Блокнот R R - это документ R Markdown с кусками, которые могут выполняться независимо и интерактивно, причем вывод отображается сразу под входом.

R Ноутбуки - это метод грамотного программирования, который позволяет прямое взаимодействие с R при создании воспроизводимого документа с выходом публикации.

Любой документ R Markdown может использоваться как ноутбук, а все R-ноутбуки могут быть представлены другим типам документов R Markdown. Таким образом, ноутбук можно рассматривать как особый режим выполнения для документов R Markdown. Непосредственность режима ноутбука делает его хорошим выбором при создании документа R Markdown и повторении кода; когда вы готовы опубликовать документ, вы можете напрямую поделиться записью или перевести его в формат публикации с помощью команды Knit.

(Акцент мой)

Ответ 4

Различие заключается в том, что в R Notebok вы можете писать Markdown и R-code Chunks и непосредственно выполнять их и сразу видеть результаты. Это своего рода ноутбук для себя.

R Markdown есть, чтобы создавать приятные результаты в html, pdf или word Document. Сочетание Markdown и R-Code-Chunks. Краткое описание и мотивация можно найти здесь.

Если вы хотите получить дополнительную информацию о пакете knitr Package klick здесь.

Ответ 5

http://rmarkdown.rstudio.com/r_notebooks.html#notebook_file

"Обычные документы R Markdown" вязаны ", но ноутбуки" просматриваются ". Пока предварительный просмотр ноутбука похож на рендер R Markdown документ, предварительный просмотр ноутбука не выполняет ни один из ваших R-кода ломти "

Ответ 6

Вот одно практическое различие, которое я нашел:

Когда вам нужно прокомментировать часть текста, RMarkdown вставляет # в каждую строку вашего текста, тогда как RNotebook аккуратно инкапсулирует текст между одной парой знаков  (как в html файлах)

Можно сказать, какое тривиальное различие. Однако из-за этого я теперь всегда использую R Notebook (вместо RMarkdown) в RStudio для всех моих документов. Во всем остальном они кажутся одинаковыми (для моих нужд, по крайней мере, такими, как генерация html и pdf)

В противном случае мои комментарии внезапно становятся заголовками, как показано ниже:

# This part is commented out, but will show as Heading 1 font text

Ответ 7

Одно из самых важных отличий не совсем понятно из приведенных выше ответов.

Из Раздела 3.2.1.3 Книги Закладок:

В меню " Run на панели инструментов редактора также есть пункт " Restart R and Run All Chunks выполнить все фрагменты", который дает вам новый сеанс R до запуска всех фрагментов. Это похоже на кнопку Knit, которая запускает отдельный R-сеанс для компиляции документа.

Другими словами, вязание создает новую среду и выполняет весь код там. В отличие от этого, R Notebook использует глобальную среду как есть для визуализации HTML файла. Фактически, для Записной книжки R изменения в файле HTML происходят каждый раз, .Rmd документ .Rmd сохраняется. Кнопка " Preview просто открывает HTML файл в его текущем состоянии. Код не запускается. Preview буквально означает то, что он говорит: он просто показывает вам, что уже сделано.

Почему это важно? Например, если .Rmd файл .Rmd Notebook .Rmd, но фрагменты кода не выполняются, то файл HTML будет корректно отображать всю разметку и входной код, но никакого вывода не будет. Или предположим, что вы определяете некоторую переменную x в консоли, но не в фрагменте кода. Если вы попытаетесь использовать x где-то в R Notebook, он будет работать просто отлично. Предварительный просмотр HTML-документа также будет работать нормально. С другой стороны, вязание документа вызовет ошибку "неизвестная переменная", потому что вязание запускает весь код в новой среде, а переменная x никогда не была определена в файле уценки.

Ответ 8

Аналогичные элементы : блокнот R и документ R Markdown очень похожи. Формат Markdown работает в обоих типах файлов. Оба формата файлов могут быть использованы для передачи кода вместе с результатами и комментариями для других. Можно выбрать связывание созданного документа в выходные форматы HTML, PDF и WORD. Если в коде есть ошибка, вывод не будет сгенерирован. Чтобы запустить файл: CTRL + SHIFT + K и вставить фрагмент кода: CTRL + ALT + I.

R Markdown document: Rmd-документ может быть настроен с помощью мастера и имеет опции для воспроизведения документа, слайдов презентации, блестящего приложения и т.д., А также возможность создания документа из шаблона. Если вы измените код, вывод будет выполнен в выводе Rmd. Он не предлагает возможность предварительного просмотра документа. Заголовок YAML имеет следующий формат вывода: output: html_document

R Notebook Document: документ R nb запускается напрямую, а мастер (как в случае .RMD) не появляется. Вместе с файлом блокнота создается дополнительный html файл с расширением *.nb.html. В записной книжке есть опция предварительного просмотра. Если какой-либо код изменен или отредактирован, новый вывод не отображается. Вывод отображается в самом редакторе кода. Каким бы ни был старый вывод, он только отображается. Новый вывод не генерируется из-за изменения кода. Чтобы показать вывод кода, нам нужно выполнить чанк, и тогда он появится в выводе. Заголовок YAML имеет вывод: output: html_notebook

Заголовок YAML: если мы изменим заголовок YAML с одного файла на другой, он изменит тип документа. Например, у вас есть блокнот R с заголовком YAML в виде html_notebook. Если вы измените заголовок YAML, ваш блокнот R будет преобразован в документ R Markdown.

Если вам нужно выбрать один, используйте документ RMarkdown, так как он обеспечивает больший контроль и обновляет документы, как только вы его свяжете.

Ответ 9

От господина:

Файлы тетради R показывают вывод в редакторе, скрывая консоль. R markdown files показывает выходные данные внутри консоли и не показывает выходные данные внутри редактора. Они отличаются по значению вывода в своих заголовках YAML.
Заголовок YAML для ноутбука R будет иметь строку,

---
ouptut: html_notebook
---

Заголовок YAML для файла уценки R будет иметь строку,

ouptut: html_document

Копирование заголовка YAML из записной книжки R в файл уценки R превращает его в файл уценки R и наоборот. Более конкретно, изменение значения output на Это связано с тем, что IDE RStudio при открытии и пакет rmarkdown при вязании используют заголовок YAML файла и, в частности, значение ключа output в заголовке YAML, чтобы определить, какой тип документ это.