Graphviz DOT организует узлы в кругах, макет слишком "компактный"

Я нахожусь на полпути, см. редактирование

ОК, вот моя проблема, я создаю график модуля python, включая все файлы со своими функциями/методами/классами.

Я хочу организовать это так, что узлы собираются кругами вокруг своих родительских узлов, в настоящее время все находится на одной гигантской горизонтальной строке, что делает вещь > 50 тыс. пикселей в ширину, а также позволяет конвертеру svg сбрасываться (только отображает примерно половину графа).

Я прошел через docs, но не смог найти ничего похожего на трюк.

Итак, вопрос:
Есть ли простой способ сделать это, или мне нужно полностью расставить все это?:/

EDIT:
Благодаря замечанию Эндрюса у меня есть правильный макет, единственная проблема в том, что это немного "компактно"... так что теперь вопрос, как это исправить?

Ответ 1

Я упомянул все наиболее важные параметры, которые влияют на ваш текущий макет, а затем предложили значения для этих параметров. Тем не менее, я подозреваю, что вы можете получить макет, который вы хотите, просто применяя пару этих предложений.

уменьшить вес кромки, например [weight = 0.5]; это сделает края дольше, вызывая кластеров, которые вы сейчас видите в своем графа, чтобы "отключиться".
избавиться от границ node, node_A [Не цвет = нет; форма открытого текста =]; особенно для овальных узлов, существенная доля node пробел "не используется" (т.е. не используется для отображения метки node).
явно задает размер шрифта для узлы (границы node увеличены так, чтобы они окружали node текст, что означает, что шрифт размер и объем текста для данного node оказывает значительное влияние на его размер); [fontsize = 11] должно быть большим достаточно, чтобы быть разборчивым, но также уменьшить "загроможденный" вид ( размер по умолчанию - 14).
увеличить минимальное расстояние между узлы через 'nodesep'; например, nodesep = 2.0; это будет прямо обратитесь к своему возражению относительно вашего графика "слишком compact. "('nodesep' и 'ranksep' вероятно, повлияет на то, как точка рисует график больше, чем любые другие параметры для node, ребро или граф. В твоем случае, похоже, у вас есть только два разряда узлов; 'ranksep' устанавливает минимальный расстояние между узлами разных ряды - это похоже на все узлы которые составляют ваш график, относятся к того же ранга (за исключением нескольких верхних уровней узлы в центрах).
явно задает общий размер графа, например, size = "7.75,10.25" (гарантирует, что ваш график подходит для страницы 8.5 x 11 и что он занимает все пространство)
И одно чисто эстетическое предложение что в лучшем случае поможет график выглядит менее загроможденным: цвет шрифта по умолчанию для обоих краев и узлы черные. Большинство чернила на вашем графике взяты из этих двух структур (особенно если вы удалите границы node), поэтому я бы например, установить либо node (текст) fontcolor или edge fontcolor для "синего", чтобы помочь глазу отличить два набора графа структуры.

Ответ 2

Если он слишком компактный, вы захотите испортить длину края. У вас есть пара вариантов в зависимости от схемы графика:

Если ваш макет - sfdp или fdp, настройте свойство graph. Значение по умолчанию - 0,3.
Для neato (или fdp) настройте свойство edge len. По умолчанию 1.0 для neato и 0.3 для fdp.
Для точки вы можете использовать свойство edge свойство minlen, которое является минимальной длиной края. Значение по умолчанию: 1.

Вы также можете захотеть связать себя с моделью свойств графа, которая определяет поведение кластеризации. В частности, попробуйте подмножество. Я верю, что это поможет вам: http://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html#d:model

Кроме того, вы можете удалить перекрытия вместе со способами масштабирования: http://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html#d:overlap