Как пользователи Sweave могут взаимодействовать с пользователями Word?

Я хотел бы обсудить обсуждаемый вопрос здесь в сообществе SO: какой лучший способ для Sweave-пользователей сотрудничать с пользователями Word

Я пытаюсь переместить весь рабочий процесс на R и Sweave (или аналогичный, например, может быть, Knitr окажется более полезным). Тем не менее, последний шаг в моем рабочем процессе, как правило, заключается в написании рукописи с сотрудниками. Они работают, передавая документы MS Word взад и вперед и редактируя текст с помощью изменений трека.

Предположим, что я не могу убедить кого-либо из них в изучении любого нового программного обеспечения - их процесс не изменится. Я ищу простой способ:

1.) отправить документы, созданные Sweave, в соавторы.

2.) позволяют им открывать документы в Word и отслеживать изменения

3.) получать отредактированные документы и повторно включать их в Sweave, в идеале с изменениями соавторов, выделенными каким-то образом

4.) И если решение работает для OSX, это будет здорово.

Обсуждение в списке рассылки справки R фокусируется на SWord, который, как представляется, недокументирован и доступен только для Windows. Кто-нибудь знает, хорошо ли это? Обсуждение на Vistabilt biostatistics wiki хорошо описывает способы получения Sweave-документов в Word-читаемые формы, но не так много о том, как интегрировать отредактированные документы Word с Sweave.

Ответ 1

Я использую комбинацию подходов, в зависимости от того, кто редактирует. Мое умолчание заключается в том, чтобы редакторы/соавторы разметки PDF или печатной копии. Foxit Reader является бесплатным и предоставляет более обширные инструменты для комментариев в формате PDF, чем считыватель Acrobat, хотя читатель позволяет создавать пузыри комментариев.

Для более обширных вкладов, это помогает мне отделить Sweave части документа от основного текста, например. путем записи результатов в results.Rnw и вставки \input{results.tex} в основной документ. Это позволяет вам отправить часть, которая не включает разметку R. Вы также можете скопировать все между преамбулой и библиографией в текстовый документ и попросить пользователей игнорировать разметку. Если вы скопируете вставку из редактора с подсветкой синтаксиса, его можно скопировать в слово, что упростит процесс.

Вы также можете использовать Inference for R, который похож на Sweave для Word. Существует также Lyx, что требует от пользователей изучения новой программы, но более простой в использовании, чем Sweave.

Ответ 2

Я всегда думал, что это хороший вариант для odfWeave....

Ответ 3

Я изучаю эту проблему уже пару недель, и вот что я до сих пор придумал. К сожалению, моя репутация новичка не позволяет размещать все правильные ссылки, но поиск Google должен быть очевидным для всех задействованных пакетов.

Конверсии между LaTeX и Word являются громоздкими, поэтому я считаю возможным использовать третий формат, который позволяет экспортировать как LaTeX, так и Word. Доступны несколько альтернатив. Во-первых, у вас есть Markdown, язык разметки, который я использую, даже чтобы написать этот пост:). Markdown сам по себе не подходит для академического письма, но в разработке есть расширение, которое допускает цитаты, сноски и другие функции технического письма.

Во-вторых, возможно, более перспективная, разметка reStructuredText от Docutils, которая уже может обрабатывать цитаты. Моя идея состоит в том, чтобы писать мои статьи в виде простого текста, используя reST, сплетение (или вязание) с помощью knitr в HTML или PDF, это поддерживается изнутри R. R-код может быть встроен, конечно, вот в чем весь смысл.

Чтобы преобразовать текст в .doc, можно использовать Pandoc, который также может обрабатывать цитаты и способен конвертировать между несколькими документами форматы, включая PDF, Word, OpenDocument и т.д.

Мне все же приходится вычислять весь рабочий процесс. Преобразование между форматами без цитат кажется мне довольно простым (хотя в Word впоследствии требуется небольшое редактирование). Работа с цитатами по-прежнему требует некоторого определения. Надеемся, что эта информация поможет тому, кто находится на одном и том же пути Воспроизводимого исследования, но также и в необходимости делиться текстами с неигровым населением.