В Xcode 4, когда вы перемещаете файл, вы можете разрешить новое местоположение файла, нажав кнопку в правом меню и выбрав новое местоположение через Finder.
В Xcode 5 в правом меню нет кнопки, и я не нашел способа указать новое местоположение файла, щелкнув файл правой кнопкой мыши или параметры верхней панели меню.