Я немного использовал PyCharm, поэтому я не эксперт.
Как я обычно запускал свои программы с терминалом:
program.py -t input1 -t1 input2
Мне было интересно, как я могу отладить это?
Для других программ, которые я написал, у меня не было никаких аргументов, поэтому отладка была просто установкой точек останова и нажатием отладки.