Единственное решение, с которым я столкнулся, - это использовать регулярные выражения и рекурсивно заменить первый каталог, пока не получите слово без косой черты.
gsub("/\\w*/","/",gsub("/\\w*/","/",getwd()))
Есть ли что-то немного более элегантное? (и более портативный?)