Какая команда преобразует knitr R Markdown в Stack-Exchange-friendly Markdown?

Мотивация: Я часто хочу вставить результаты быстрого анализа с помощью R Markdown в сайт StackExchange. Это включает R-тег для, Cross Validated или даже анализ домена на сайтах, таких как Обмен когнитивными науками (например, этот быстрый анализ данных индекса жизни ОЭСР).

Проблемы с преобразованием по умолчанию: Выделение по умолчанию knitr не подходит для включения в StackExchange. Основные проблемы, которые я вижу, это то, что

изображения относятся к локальному жесткому диску
фрагменты кода не являются отступом или отступом; скорее, они используют стиль Markdown в стиле github (т.е. нет отступов)

I.e., куски выглядят следующим образом:

```r
some code
```

и вывод выглядит следующим образом

```
## some output
## ...
```

Также могут быть рассмотрены другие конкретные проблемы, такие как

правильные таблицы включены
обеспечение правильной передачи уравнений для сайтов, поддерживающих MathJax, таких как Cross Validated and Cognitive Science Stack Exchange.

Вопрос

Что такое хорошая команда для преобразования R Markdown в Markdown (или HTML), подходящего для простого включения в сайты Stack Exchange?

Я думаю, что идеальной командой будет однострочный, который берет файл R Markdown и генерирует файл, в котором весь контент может быть вставлен непосредственно в Stack Exchange, чтобы получить хорошо отформатированный вопрос или ответ.

Я разделяю этот простой файл rmd с несколькими фрагментами кода, фигурой и уравнением в качестве тестового примера.

Начальные мысли: Хостинг изображений на imgur, по-видимому, разобрал бы проблему с изображениями. Это можно сделать, включив следующее в файл R Markdown, но, вероятно, было бы проще, если бы эта инструкция была включена в некоторую команду с одним слоем.

``` {r }
opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload) 
````

Возможно, стоит подумать, является ли HTML или Markdown лучшим форматом для вставки в StackExchange. Пакет markdown обеспечивает большую гибкость.

Ответ 1

Вот функция полезности, которая должна вас запустить. Он устанавливает автоматическую загрузку в imgur, а также рендеринг кода исходного кода с использованием вкладок вместо огражденных блоков. Вы можете улучшить эту функцию, чтобы добавить другие параметры, которые были бы полезны.

stackify <- function(rmd_file, ...){
  require(knitr)
  opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload) 
  render_markdown(strict = TRUE)
  out <- knit(rmd_file, ...)
  return(invisible(out))
}

UPDATE: я протестировал эту функцию в тестовом файле, и она хорошо отражается на stats.stackexchange.com, который включен mathjax.

Ответ 2

Хотя мне все же хотелось бы прочитать другие предложения, я взломал этот script с помощью ответа @Ramnath в качестве отправной точки. Он выводит фрагмент HTML, а не Markdown.

Rscript -e 'rmd_file <- dir(pattern="rmd"); md_file <- sub("rmd", "md", rmd_file); html_file <- sub("rmd", "html", rmd_file); require(methods); require(knitr); require(markdown); opts_knit$set(upload.fun = imgur_upload); knit(rmd_file); markdownToHTML(md_file, html_file, options="fragment_only") '

Предполагается, что в рабочем каталоге есть один файл rmd. Я предполагаю, что выбор rmd файла может быть выполнен более сложным способом.
Для этого требуются пакеты knitr и markdown.
Я думаю, потому что мы используем "Rscript", пакет methods должен быть загружен.
Он загружает изображения в imgur
markdownToHTML экспортирует только фрагмент кода в виде html файла. Содержимое этого файла затем можно скопировать в ответ на Stack Exchange.

Результат выглядит неплохо. Он преодолевает проблему чрезмерных пустых строк. Однако вывод не является уценкой, что затрудняет редактирование результата.

Ответ 3

RStudio использует pandoc, поэтому вы можете указать вариант уценки, подходящий для ваших нужд. В начале файла .Rmd:

---
output:
  md_document:
    variant: markdown_strict+autolink_bare_uris
---

Затем вы можете скопировать/вставить результирующее содержимое файла в StackExchange.

Смотрите: http://rmarkdown.rstudio.com/markdown_document_format.html#markdown-variants