Похоже, что где-то в реестре.
Пробовал запускать разные файлы exec - сеансы одинаковы.
Где PUTTY хранит свои сеансы?
Ответ 1
HKEY_CURRENT_USER\Software\Саймон Тэтхем\PuTTY\Сессии
Ответ 2
HKEY_CURRENT_USER\Программное обеспечение \SimonTatham\PuTTY в SshHostKeys или сеансах