Запуск MySQL 5.6.7-rc, который якобы поддерживает дробные секунды в значениях времени. Право...
Попробуйте это в MySQL Workbench 5.2.44:
CREATE TABLE T (dt DATETIME);
INSERT INTO T (dt) VALUES ('2012-11-12 13:54:00.123');
SELECT dt FROM T;
Вывод:
2012-11-12 13:54:00
Что мне здесь не хватает?