Я работаю с действительно потрясающей библиотекой ggplot2. Я выяснил, как установить соотношение сторон графика с помощью coord_fixed
. Теперь я хотел бы сохранить график в PDF с указанной шириной (например, 10 см) и позволить рассчитывать требуемую высоту. Я не понял, как это сделать. Возможно ли это?
Сохранить участок с заданным соотношением сторон
Ответ 1
Вы можете использовать функции сетки для вычисления полного размера ggplot grob, но есть (отредактируйте: по крайней мере) два оговорки:
-
откроется окно дополнительного устройства, чтобы выполнить преобразование блока
-
размер панели сюжета по умолчанию будет 0, поскольку он предназначен для расчета на лету в зависимости от устройства (видового экрана), в котором он живет, а не наоборот.
При этом следующая функция пытается открыть устройство, которое точно соответствует ggplot,
library(ggplot2)
library(grid)
sizeit <- function(p, panel.size = 2, default.ar=1){
gb <- ggplot_build(p)
# first check if theme sets an aspect ratio
ar <- gb$plot$coordinates$ratio
# second possibility: aspect ratio is set by the coordinates, which results in
# the use of 'null' units for the gtable layout. let find out
g <- ggplot_gtable(gb)
nullw <- sapply(g$widths, attr, "unit")
nullh <- sapply(g$heights, attr, "unit")
# ugly hack to extract the aspect ratio from these weird units
if(any(nullw == "null"))
ar <- unlist(g$widths[nullw == "null"]) / unlist(g$heights[nullh == "null"])
if(is.null(ar)) # if the aspect ratio wasn't specified by the plot
ar <- default.ar
# ensure that panel.size is always the larger dimension
if(ar <= 1 ) panel.size <- panel.size / ar
g$fullwidth <- convertWidth(sum(g$widths), "in", valueOnly=TRUE) +
panel.size
g$fullheight <- convertHeight(sum(g$heights), "in", valueOnly=TRUE) +
panel.size / ar
class(g) <- c("sizedgrob", class(g))
g
}
print.sizedgrob <- function(x){
# note: dev.new doesn't seem to respect those parameters
# when called from Rstudio; in this case it
# may be replaced by x11 or quartz or ...
dev.new(width=x$fullwidth, height=x$fullheight)
grid.draw(x)
}
p1 <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point() + coord_fixed() +
theme(plot.background = element_rect(colour = "red"))
p2 <- p1 + aes(x = mpg, y = wt)
# need for an explicit dummy device open, otherwise it a bit off
# for no apparent reason that I can understand
dev.new()
sizeit(p1, 0.1)
sizeit(p2, 2)
Ответ 2
Не уверен, но что-то вроде этого, что вы после?
ggplot(data.frame(x = seq(10), y = seq(10)), aes(x = x, y = y)) +
geom_point() +
coord_equal() +
theme(aspect.ratio = 1)
Это выглядит хорошо для меня:
ggsave("test.pdf", width = 4, height = 4)
Слишком много свободного пространства, но сам график имеет соотношение сторон 1:
ggsave("test2.pdf", width = 4)
Сообщение: Сохранение 4 x 6.93 на изображении
Ответ 3
Основываясь на баптистском ответе, я удалил его код, чтобы вернуть соотношение сторон, как это предлагает геотеатр. Это было гораздо удобнее для меня, потому что я либо хотел фиксированную ширину или высоту, а также передал все через существующую функцию обертки, которая также добавляет шрифты в мой pdf.
О, и если вы использовали грани, вам нужно учитывать их вручную. Разделите по строкам и умножьте на столбцы. Не уверен, есть ли лучший способ...
ggGetAr <- function(p, default.ar=-1){
gb <- ggplot_build(p)
# first check if theme sets an aspect ratio
ar <- gb$plot$coordinates$ratio
# second possibility: aspect ratio is set by the coordinates, which results in
# the use of 'null' units for the gtable layout. let find out
g <- ggplot_gtable(gb)
nullw <- sapply(g$widths, attr, "unit")
nullh <- sapply(g$heights, attr, "unit")
# ugly hack to extract the aspect ratio from these weird units
if(any(nullw == "null"))
ar <- unlist(g$widths[nullw == "null"]) / unlist(g$heights[nullh == "null"])
if(is.null(ar)) # if the aspect ratio wasn't specified by the plot
ar <- default.ar
ar[1]
}
Ответ 4
Если вы используете ggsave
, вы можете просто указать ширину и высоту графического устройства. Если вы укажете соотношение сторон самого сюжета, также хорошо иметь это соотношение сторон (примерно) в графическом устройстве. Единица height
и width
при сохранении pdf
равна дюймам:
ggplot(...) # make a plot here
ggsave("plot.pdf", width = 10)
Теперь вам нужно только преобразовать 10 см в дюймы. Кроме того, height
не привязан к определенному соотношению сторон, если вы его не укажете. Если вы хотите соотношение сторон 16: 9, вы можете легко рассчитать высоту по ширине:
ggplot(...) # make plot
width = 10
height = (9/16) * width
ggsave("plot.pdf", width = width, height = height)
Вы можете обернуть это в функцию, если хотите.
edit: Основной момент - синхронизировать соотношение сторон графика (через coord_fixed()
) и соотношение сторон графического устройства. Например
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point() + coord_fixed()
ggsave("plt.png", width = 7, height = 7)
приводит к большому количеству пробелов. В то время как следующий вызов ggsave
, который имеет гораздо лучшую форму в пропорции, не имеет этого количества пробелов (извините за большое изображение, не удалось установить максимальный размер:)):
ggsave("plt.png", width = 2, height = 7)
Ответ 5
Более упрощенным решением было бы сохранить график с полями по умолчанию и обрезать полученный png с помощью ImageMagick.
require(ggplot2)
require(dplyr)
ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) + geom_point() + coord_fixed(0.3)
ggsave("untrimmed.png")
system("convert untrimmed.png -trim -bordercolor white -border 20 reframed.png")
Конечно, обрезка будет отличаться в зависимости от используемого устройства вывода. Например. в случае pdf вы можете использовать pdfcrop, как описано здесь.