Running git init in an existing repository is safe.
It will not overwrite things that are already there.
The primary reason for rerunning git init is to pick up newly added templates.
Шаблоны - это такие файлы, как примерные крючки и файлы примеров, которые являются частью git.
Если вы обновили git с момента создания репо, и эти файлы изменились, они не будут обновлены - будут добавлены только новые файлы.
Поскольку ни один из этих файлов не является "активным", это должно быть полностью безопасным.