Я преобразовал a pandas df в r, используя приведенное ниже:
import pandas as pd
import pandas.rpy.common as com
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
rdf = com.convert_to_r_dataframe(df)
Как преобразовать rdf обратно в pandas df?
df = f(rdf) ?
Начиная с версии 2.4.0 rpy2, преобразование фреймов данных между rpy2 и pandas включается как дополнительный модуль. С ним не нужно явно конвертировать, это будет сделано на лету.
Документация содержит примеры (также доступны в виде блокнота Jupyter - ссылка доступна вверху страницы): https://rpy2.github.io/doc/latest/html/pandas.html#interoperability-with-pandas
Примечание: оригинальный ответ на этот вопрос рекомендовал следующее.
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()
Если по какой-либо причине требуется явное преобразование, это функции pandas2ri.py2ri() и pandas2ri.ri2py() (это были pandas2ri.pandas2ri() и pandas2ri.ri2pandas()).
Как предложено lgautier, это можно сделать с помощью pandas2ri.
Вот пример кода для конвертирования данных rpy (rdf) в pandas dataframe (pd_df):
from rpy2.robjects import pandas2ri
pd_df = pandas2ri.ri2py_dataframe(rdf)
Учитывая ваш импорт, он выглядит следующим образом:
com.convert_robj(rdf)
Например,
In [480]: dfrm
Out[480]:
A B C
0 0.454459 49.916767 1
1 0.943284 50.878174 1
2 0.974856 50.335679 2
3 0.776600 50.782104 1
4 0.553895 50.084505 1
5 0.514018 50.719019 2
6 0.915413 50.513962 0
7 0.771571 49.859855 2
8 0.068619 49.409657 0
9 0.728141 50.945174 2
10 0.388115 47.879653 1
11 0.960172 49.680258 0
12 0.015216 50.067968 0
13 0.495024 50.286287 1
14 0.565954 49.909771 1
15 0.992279 49.009696 1
16 0.179934 49.554256 0
17 0.521243 47.854791 0
18 0.551241 51.076262 1
19 0.713271 49.418503 0
20 0.801716 50.660304 1
In [481]: rdfrm = com.convert_to_r_dataframe(dfrm)
In [482]: rdfrm
Out[482]:
<DataFrame - Python:0x14905cf8 / R:0x1600ee98>
[FloatVector, FloatVector, IntVector]
A: <class 'rpy2.robjects.vectors.FloatVector'>
<FloatVector - Python:0xf9d0b00 / R:0x140e2620>
[0.454459, 0.943284, 0.974856, ..., 0.551241, 0.713271, 0.801716]
B: <class 'rpy2.robjects.vectors.FloatVector'>
<FloatVector - Python:0xf9d0878 / R:0x125aa240>
[49.916767, 50.878174, 50.335679, ..., 51.076262, 49.418503, 50.660304]
C: <class 'rpy2.robjects.vectors.IntVector'>
<IntVector - Python:0x11fceef0 / R:0x13f0d918>
[ 1, 1, 2, ..., 1, 0, 1]
In [483]: com.convert_robj(rdfrm)
Out[483]:
A B C
0 0.454459 49.916767 1
1 0.943284 50.878174 1
2 0.974856 50.335679 2
3 0.776600 50.782104 1
4 0.553895 50.084505 1
5 0.514018 50.719019 2
6 0.915413 50.513962 0
7 0.771571 49.859855 2
8 0.068619 49.409657 0
9 0.728141 50.945174 2
10 0.388115 47.879653 1
11 0.960172 49.680258 0
12 0.015216 50.067968 0
13 0.495024 50.286287 1
14 0.565954 49.909771 1
15 0.992279 49.009696 1
16 0.179934 49.554256 0
17 0.521243 47.854791 0
18 0.551241 51.076262 1
19 0.713271 49.418503 0
20 0.801716 50.660304 1
С документами:
In [475]: com.convert_robj?
Type: function
String Form:<function convert_robj at 0x13e85848>
File: /mnt/epd/7.3-2_pandas0.12/lib/python2.7/site-packages/pandas/rpy/common.py
Definition: com.convert_robj(obj, use_pandas=True)
Docstring:
Convert rpy2 object to a pandas-friendly form
Parameters
----------
obj : rpy2 object
Returns
-------
Non-rpy data structure, mix of NumPy and pandas objects
Используйте pandas для чтения фрейма данных rpy2, r_df. Это позволит избежать предупреждения об устаревании: "FutureWarning: from_items устарел. Используйте DataFrame.from_dict (dict (items),...) вместо"
type(r_df) "rpy2.robjects.vectors.DataFrame". type(pd_df) - "pandas.core.frame.DataFrame"
pd_df = pd.DataFrame.from_dict({ key: np.asarray(r_df.rx2(key)) for key in r_df.names })