Я использую сначала код EF 6.1.x.
Я прочитал, что индекс с выражением фильтра не поддерживается EF последним.
На SO также нет решения:
EF 6.1 Уникальный индекс Nullable
Через год, какой рабочий способ сделать индекс фильтра работать с Code First и DbMigrations?
CREATE UNIQUE NONCLUSTERED INDEX [IX_DefaultLanguageApplicationId] ON [dbo].[Languages]
(
[IsDefaultLanguage] ASC,
[ApplicationId] ASC,
)
WHERE ([IsDefaultLanguage]=(1))