Чтобы перейти на новую версию, в разделе eclipse FAQ предлагается добавить новый репозиторий, а затем установить доступные обновления. При обновлении до Neon соответствующий репозиторий http://download.eclipse.org/releases/neon/.
На этой странице написано:
ПРИМЕЧАНИЕ. Из-за структурных изменений вы не можете обновить пакет Mars (или ранее) "все-в-одном" до версии Neon. Если вас интересуют технические подробности, см. Ошибку 332989 и ошибку 490515.
Я все еще пытался выполнить описанную выше процедуру, но никаких обновлений не найдено. Каков наилучший способ обновления с Марса до Неона? Полная новая установка? Как сохранить мои настройки?