Основной вопрос: как загрузить шаблон Excel для использования с POI, а затем сохранить его в файл XLS?
Edit:
Ответ:
FileInputStream inputStream = new FileInputStream(new File(templateFile));
Workbook workbook = new HSSFWorkbook(inputStream);
(Просто загрузите шаблон в качестве рабочей книги, а затем напишите книгу как файл XLS в другом месте.)