Я знаком с генератором javadoc без излишеств, однако я хотел бы включить некоторые математические уравнения в свой javadoc (а не постоянно ссылаться на другой документ).
Есть ли удобный способ сделать что-то вроде include/правильно визуализировать LaTeX (наиболее предпочтительный - тогда я мог бы просто нарезать-n-paste) или теги MathML?
Проверьте Doxygen.
Он быстро вспыхивает, свободен и поддерживает встроенный LaTeX.
Возможно, что-то вроде MathJax или jsMath может быть вашим решением. Они оба являются библиотеками JavaScript, поэтому вам нужно будет найти способ добавить их в свои страницы javadocs.
Пока я не делал этого лично, есть способы создать свой собственный, используя API Doclet или Taglet, чтобы создать свой собственный Doclet или Taglet. Некоторые из них уже были выполнены в соответствии с быстрым поиском, обеспечивающим один такой пример http://www.ohloh.net/p/latextaglet
Если вы чувствуете себя достаточно смело, проект latextaglet имеет открытый исходный код, поэтому вы сможете его адаптировать к вашим потребностям.