Установка матрицы расстояния и методов кластеризации в тепловой карте .2

heatmap.2 defaults to dist для вычисления матрицы расстояния и hclust для кластеризации. Кто-нибудь теперь, как я могу установить dist, чтобы использовать метод евклидова и hclust использовать метод центроида? Я предоставил компилируемый пример кода ниже. Я попытался: distfun = dist (method = "euclidean" ), но это не работает. Любые идеи?

library("gplots")
library("RColorBrewer")

test <- matrix(c(79,38.6,30.2,10.8,22,
81,37.7,28.4,9.7,19.9,
82,36.2,26.8,9.8,20.9,
74,29.9,17.2,6.1,13.9,
81,37.4,20.5,6.7,14.6),ncol=5,byrow=TRUE)
colnames(test) <- c("18:0","18:1","18:2","18:3","20:0")
rownames(test) <- c("Sample 1","Sample 2","Sample 3", "Sample 4","Sample 5")
test <- as.table(test)
mat=data.matrix(test)

heatmap.2(mat,
dendrogram="row",
Rowv=TRUE,
Colv=NULL,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
xlab = "Lipid Species",
ylab = NULL,
colsep=c(1),
sepcolor="black",
key=TRUE,
keysize=1,
trace="none",
density.info=c("none"),
margins=c(8, 12),
col=bluered
)

Ответ 1

Взглянув на код для heatmap.2, я уверен, что по умолчанию используется dist, и по умолчанию он использует эвклидовы расстояния.

Причина, по которой ваша попытка передать distfun = dist(method = 'euclidean') не работает, заключается в том, что distfun (и hclustfun) должны просто быть именем функций. Поэтому, если вы хотите изменить параметры по умолчанию и передать аргументы, вам нужно написать такую обертку, как это:

heatmap.2(...,hclustfun = function(x) hclust(x,method = 'centroid'),...)

Как я уже упоминал, я уверен, что по умолчанию используется heatmap.2 эвклидовое расстояние, но аналогичное решение можно использовать для изменения используемой функции расстояния:

heatmap.2(...,distfun = function(x) dist(x,method = 'euclidean'),...)