Я понял, что могу связать существующий пул приложений с существующим сайтом следующим образом:
APPCMD.exe set app "sitename/" /applicationPool:"appPoolName"
Но как мне создать свой собственный пул приложений с именем appPoolName,.NET версии 4 и интегрированным конвейером до этой команды?