Как я могу обработать "осиротевшее отверстие" в файле формы polygon в R или ArcGIS?

Я пытаюсь сделать пространственное оверлей между двумя полигонами ( "grd" и "range" ), используя функцию over (rgeos).

Этот код работает для всех файлов, кроме одного:

range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells that overlap with range

и получите это сообщение об ошибке:

Error in createPolygonsComment(p) : 
  rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 9

Я понимаю, что в шейп файле есть дыра без окружающего многоугольника, но я не могу понять, как ее обойти. Могу ли я просто удалить отверстие в индексе 9? Как? Если у вас есть решение исправить шейп файл в ArcGIS, это также будет хорошо для меня.

Большое спасибо за вашу помощь!

С уважением, Карстен

> str(range) Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots [email protected] data :'data.frame': 3 obs. of 17 variables: .. ..$ OBJECTID : int [1:3] 725 726 727 .. ..$ SPCRECID : int [1:3] 3313 3313 3313 .. ..$ DATE_ : Factor w/ 1 level "19/10/2009": 1 1 1 .. ..$ SCINAME : Factor w/ 1 level "Synthliboramphus antiquus": 1 1 1 .. ..$ SOURCE : Factor w/ 1 level "Gaston & Jones, 1998; Brazil, 2009": 1 1 1 .. ..$ PRESENCE : int [1:3] 1 1 1 .. ..$ ORIGIN : int [1:3] 1 1 1 .. ..$ SEASONAL : int [1:3] 2 1 3 .. ..$ DATA_SENS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA .. ..$ SENS_COMM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA .. ..$ COMPILER : Factor w/ 1 level "Philip Taylor (BirdLife International)": 1 1 1 .. ..$ TAX_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA .. ..$ DIST_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA .. ..$ REVIEWERS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA .. ..$ CITATION : Factor w/ 1 level "BirdLife International and Natureserve (2011) Bird species distribution maps of the world.": 1 1 1 .. ..$ SHAPE_Leng: num [1:3] 190 209 1240 .. ..$ SHAPE_Area: num [1:3] 39 16.6 600.8 .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:17] "N" "N" "C" "C" ... [email protected] polygons :List of 3 .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots .. .. .. [email protected] Polygons :List of 138 .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. [email protected] labpt : num [1:2] 178.6 51.8 .. .. .. .. .. .. [email protected] area : num 4.58 .. .. .. .. .. .. [email protected] hole : logi FALSE .. .. .. .. .. .. [email protected] ringDir: int 1 .. .. .. .. .. .. [email protected] coords : num [1:49, 1:2] 180 180 179 179 179 ... .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. [email protected] labpt : num [1:2] -172.2 52.6

> str(grd) Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots [email protected] data :'data.frame': 40680 obs. of 12 variables: .. ..$ ID : int [1:40680] 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 ... .. ..$ X_COORD : num [1:40680] -180 -178 -178 -176 -176 ... .. ..$ Y_COORD : num [1:40680] 79.1 79.1 79.1 79.1 79.1 ... .. ..$ ID_1 : Factor w/ 13713 levels "10","10000","10001",..: NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... .. ..$ grdID : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... .. ..$ ROW : int [1:40680] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... .. ..$ COL : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... .. ..$ AREA : num [1:40680] 12364 12364 12364 12364 12364 ... .. ..$ PERIMETER : num [1:40680] 445 445 445 445 445 ... .. ..$ MAJORITY : int [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. ..$ PROP0_0062: num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. ..$ AREA_KM2 : num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:12] "N" "N" "N" "C" ... [email protected] polygons :List of 40680 .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots .. .. .. [email protected] Polygons :List of 1 .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. [email protected] labpt : num [1:2] -179.5 79.1 .. .. .. .. .. .. [email protected] area : num 5.3 .. .. .. .. .. .. [email protected] hole : logi FALSE .. .. .. .. .. .. [email protected] ringDir: int 1 .. .. .. .. .. .. [email protected] coords : num [1:13, 1:2] -179 -180 -180 -180 -180 ... .. .. .. [email protected] plotOrder: int 1 .. .. .. [email protected] labpt : num [1:2] -179.5 79.1

>slot(shape.input, "polygons") <- lapply(slot(shape.input, "polygons"), checkPolygonsHoles) >range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells of that overlay with range polygon

Ответ 1