Заказ и цвет баров в ggplot2 barplot - программирование

У меня очень неприятная проблема со сценой в виде штабеля, созданной с помощью ggplot2. Есть несколько аналогичных вопросов, которые были заданы ранее, но после прохождения кода примера я не могу понять, что я делаю неправильно.

Я хотел бы сделать график так, чтобы столбцы были уложены в следующем порядке, основываясь на их Biogeographic.affinity: (от верхнего к нижнему = бассиан, широко распространенный, торрезианский и Эйреанский). Цвета на барах должны быть: (Bassian = drakgrey, Wpreadpread = lightgrey, Torresian = белый, а Eyrean = черный).

Вот что выглядит набор данных:

  biogeo
       Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species    Percent
    1     A                Bassian    1                 1           121  0.8264463
    2     A                 Eyrean    4                39           121 32.2314050
    3     A              Torresian    3                62           121 51.2396694
    4     A             Widespread    2                19           121 15.7024793
    5    DD                Bassian    1                 1           128  0.7812500
    6    DD                 Eyrean    4                46           128 35.9375000
    7    DD              Torresian    3                63           128 49.2187500
    8    DD             Widespread    2                18           128 14.0625000
    9   E_W                Bassian    1                 1           136  0.7352941
    10  E_W                 Eyrean    4                54           136 39.7058824
    11  E_W              Torresian    3                65           136 47.7941176
    12  E_W             Widespread    2                16           136 11.7647059
    13   KS                Bassian    1                 2           145  1.3793103
    14   KS                 Eyrean    4                63           145 43.4482759
    15   KS              Torresian    3                62           145 42.7586207
    16   KS             Widespread    2                18           145 12.4137931
    17 Z_Ka                Bassian    1                 1           110  0.9090909
    18 Z_Ka                 Eyrean    4                64           110 58.1818182
    19 Z_Ka              Torresian    3                31           110 28.1818182
    20 Z_Ka             Widespread    2                14           110 12.7272727

Это код, который я написал до сих пор (включая некоторые из моих неудачных попыток исправить проблему).

 ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank())

Это дает основной график, но цвета и порядок по-прежнему не соответствуют действительности. Чтобы исправить порядок, я попробовал, но это ничего не изменило (FRUSTRATED)!:

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity  = factor(Biogeographic.affinity ), Rank = factor(Rank, levels = 1:4))

Что касается изменения цвета, я пробовал и, похоже, работает, но все выглядит так, как будто порядок все еще не так!

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank())

пожалуйста, помогите.

Ответ 1

Порядок, в котором штрихи рисуются (снизу вверх) в штабелированном штриховом шрифте в ggplot2, основан на упорядочении фактора, который определяет группы. Таким образом, коэффициент Biogeographic.affinity должен быть переупорядочен. Обычно мы используем reorder (если мы хотим упорядочить коэффициент в соответствии с непрерывными уровнями), но здесь я просто создам новый упорядоченный множитель, аналогичный тому, что вы пытались сделать.

 biogeo <- transform(biogeo, 
                Biog.aff.ord  = factor(
                     Biogeographic.affinity ,
                     levels=c( 'Bassian','Widespread','Torresian', 'Eyrean'),
                     ordered =TRUE))

Теперь, если вы заполняете свой барплот, используя Biog.aff.ord, а не исходный коэффициент и переопределяя порядок группировки по умолчанию, определяя aes_group_order как заказ Biog.aff.ord вы получите ожидаемый результат:

cols <- c(Bassian="darkgrey",Widespread="lightgrey", 
            Torresian="white", Eyrean="black") 
ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent,
       order=Biog.aff.ord)) +   ##!! aes_group_order
  geom_bar(stat="identity", colour="black",
        aes(fill=Biog.aff.ord)) +
  scale_fill_manual(values = cols)