Igraph, создающий взвешенную матрицу смежности

Я пытаюсь использовать пакет igraph для рисования (разреженного) взвешенного графика. В настоящее время я имею матрицу смежности, но не могу получить функцию graph.adjacency для распознавания весов ребер.

Рассмотрим следующую случайную симметричную матрицу:

m <- read.table(row.names=1, header=TRUE, text=
"           A          B          C          D           E         F
A 0.00000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.05119703 1.3431599
B 0.00000000  0.0000000 -0.6088082  0.4016954  0.00000000 0.6132168
C 0.00000000 -0.6088082  0.0000000  0.0000000 -0.63295415 0.0000000
D 0.00000000  0.4016954  0.0000000  0.0000000 -0.29831267 0.0000000
E 0.05119703  0.0000000 -0.6329541 -0.2983127  0.00000000 0.1562458
F 1.34315990  0.6132168  0.0000000  0.0000000  0.15624584 0.0000000")
m <- as.matrix(m)

Чтобы построить, сначала я должен получить эту матрицу смежности в правильный формат igraph. Это должно быть относительно простым с graph.adjacency. Согласно моему чтению документации для graph.adjacency, я должен сделать следующее:

library(igraph)
ig <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted=TRUE)

Однако он не распознает веса ребер:

str(ig)
# IGRAPH UNW- 6 8 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n)
# + edges (vertex names):
# [1] A--E A--F B--C B--D B--F C--E D--E E--F
plot(ig)

Как получить igraph для распознавания весов края?

Ответ 1

Весы там, weight (e/n) означает, что есть атрибут edge, называемый весом, и он является числовым. См. ?print.igraph. Но они по умолчанию не построены, вам нужно добавить их как edge.label.

plot(ig, edge.label=round(E(ig)$weight, 3))

Для печати убедитесь, что вы прочитали ?igraph.plotting.

Ответ 2

@TWL-решение можно легко обобщить, чтобы представить ширину ребер в зависимости от веса, включая отрицательные веса. Хитрость заключается в переводе всех весов путем суммирования значения наименьшего веса (плюс необязательно смещение, представляющее ширину минимального веса). Например:

# reproducible example:
set.seed(12345)
a <- matrix(runif(5*5, min=-10, max=10), ncol=5)
diag(a) <- 0 # remove loops.
>a
           [,1]       [,2]      [,3]       [,4]       [,5]
[1,]  0.0000000 -6.6725643 -9.309291 -0.7501069 -0.9254385
[2,]  7.5154639  0.0000000 -6.952530 -2.2371204 -3.4649518
[3,]  5.2196466  0.1844867  0.000000 -1.9502972  9.3083065
[4,]  7.7224913  4.5541051 -9.977268  0.0000000  4.1496375
[5,] -0.8703808  9.7947388 -2.175933  9.0331751  0.0000000

# create igraph object.
g <- graph.adjacency(a, mode="undirected", weighted=TRUE)
plot(g)

# assign edge width as a function of weights.
E(g)$width <- E(g)$weight + min(E(g)$weight) + 1 # offset=1
plot(g)

Ответ 3

Насколько мне нравится igraph, я обнаружил, что пакет qgraph легче размещать взвешенные сети.

С матрицей смежности вы также можете просто использовать qgraph() из библиотеки qgraph для ее построения. Он автоматически окрасит отрицательные края в оттенок красного и положительного краев зеленого цвета.

install.packages('qgraph')
require(qgraph)
qgraph(m)
qgraph(m,edge.labels=TRUE)  #if you want the weights on the edges as well

qgraph построен на igraph, но просто делает все для вас.

Ответ 4

Вы можете извлечь вес края с помощью E(ig)$weight и назначить их аргументу edge.width в функции построения графика:

plot(ig, edge.width=E(ig)$weight)

См. ссылку ?igraph.plotting [ для справки.

Также обратите внимание, что в этом примере веса будут соответствовать ширине краев, поэтому они должны быть >= 0.