Почему суммировать или мутировать не работают, когда я загружаю `plyr` после` dplyr`?

Примечание. Заголовок этого вопроса был отредактирован, чтобы сделать его каноническим вопросом для проблем, когда функции plyr маскируют свои копии dplyr. Остальная часть вопроса остается неизменной.

Предположим, что у меня есть следующие данные:

dfx <- data.frame(
  group = c(rep('A', 8), rep('B', 15), rep('C', 6)),
  sex = sample(c("M", "F"), size = 29, replace = TRUE),
  age = runif(n = 29, min = 18, max = 54)
)

С добрым старым plyr я могу создать небольшую таблицу, суммирующую мои данные со следующим кодом:

require(plyr)
ddply(dfx, .(group, sex), summarize,
      mean = round(mean(age), 2),
      sd = round(sd(age), 2))

Результат выглядит следующим образом:

  group sex  mean    sd
1     A   F 49.68  5.68
2     A   M 32.21  6.27
3     B   F 31.87  9.80
4     B   M 37.54  9.73
5     C   F 40.61 15.21
6     C   M 36.33 11.33

Я пытаюсь переместить мой код в dplyr и %>%. Мой код принимает DF, затем группирует его по группе и полу, а затем суммирует его. То есть:

dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))

Но мой вывод:

  mean   sd
1 35.56 9.92

Что я делаю неправильно?

Спасибо!

Ответ 1

Проблема заключается в том, что вы сначала загружаете dplyr, а затем plyr, поэтому функция plyr summarise маскирует функцию dplyr summarise. Когда это произойдет, вы получите следующее предупреждение:

require(plyr)
    Loading required package: plyr
------------------------------------------------------------------------------------------
You have loaded plyr after dplyr - this is likely to cause problems.
If you need functions from both plyr and dplyr, please load plyr first, then dplyr:
library(plyr); library(dplyr)
------------------------------------------------------------------------------------------

Attaching package: ‘plyr’

The following objects are masked from ‘package:dplyr’:

    arrange, desc, failwith, id, mutate, summarise, summarize

Итак, чтобы ваш код работал, отделите plyr detach(package:plyr) или перезапустите R и сначала загрузите plyr, а затем dplyr (или загрузите только dplyr):

library(dplyr)
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
Source: local data frame [6 x 4]
Groups: group

  group sex  mean    sd
1     A   F 41.51  8.24
2     A   M 32.23 11.85
3     B   F 38.79 11.93
4     B   M 31.00  7.92
5     C   F 24.97  7.46
6     C   M 36.17  9.11

Или вы можете явно называть dplyr суммировать в своем коде, поэтому правильная функция будет вызвана независимо от того, как вы загружаете пакеты:

dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  dplyr::summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))

Ответ 2

Ваш код вызывает plyr::summarise вместо dplyr::summarise из-за того, что вы загрузили "plyr" и "dplyr".

Демо:

library(dplyr) ## I'm guessing this is the order you loaded
library(plyr)
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
#    mean   sd
# 1 36.88 9.76
dfx %>% group_by(group, sex) %>% 
  dplyr::summarise(mean = round(mean(age), 2), sd = round(sd(age), 2))
# Source: local data frame [6 x 4]
# Groups: group
# 
#   group sex  mean    sd
# 1     A   F 32.17  6.30
# 2     A   M 30.98  7.37
# 3     B   F 38.20  7.67
# 4     B   M 33.12 12.24
# 5     C   F 43.91 10.31
# 6     C   M 47.53  8.25