Есть ли разница, кроме этого:
apply from: - получает (плагин).gradle из URL
apply plugin: - получает (плагин).gradle с сервера gradle плагина
apply plugin: вызывает интерфейс Plugin.apply(), а apply from: вызывает script напрямую
Фактическая разница между apply from: и apply plugin: заключается в том, что первая используется для плагинов script с учетом пути к локальной файловой системе или URL-адреса в удаленном месте, а позднее для двоичных плагинов, использующих идентификатор плагина.
Подробнее об этом читайте в Gradle документации здесь.