Кажется, что существует ограничение на размер строки, используемой в сообщении. Следующие напечатаны только до номера 1859 (использование R v3.1.3 на 64-битной машине Win7)
message(paste(seq(1,2000),collapse = "-"))
while
cat(paste(seq(1,2000),collapse = "-"))
распечатывает все. Это ошибка?