Пакет 'stringi' не работает после обновления до R3.2.1

Я видел версию этого вопроса, но все еще не видел ответа. Я пытаюсь использовать ggplot2, но получаю следующие ошибки (все работает сегодня утром, используя R3.0.2 "frisbee sailing" с RStudio версии 0.98.1102.

Я обновил R и Rstudio и теперь получаю следующее:

library(ggplot)
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
           there is no package called ‘stringi’
            Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’

Итак, я попробовал:

> install.packages('stringi')

**There is a binary version available but the source version is later:
    binary source needs_compilation
 stringi  0.4-1  0.5-2             FALSE**

 installing the source package ‘stringi’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/stringi_0.5-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3641292 bytes (3.5 MB)
==================================================
downloaded 3.5 MB

* installing *source* package ‘stringi’ ...
** package ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for local ICUDT_DIR... icu55/data
checking for R_HOME... /Library/Frameworks/R.framework/Resources
checking for R... /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R
checking for R >= 3.1.0... yes
checking for cat... /bin/cat
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: 

command not found

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 150: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 151: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 152: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 153: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 269: make: command not found
checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... no
configure: error: in `/private/var/folders/bq/3jbmwwh553s395pjg1m9h7fr0000gn/T/Rtmpugc1jZ/R.INSTALLc4677f69ffba/stringi':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/stringi’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status

    The downloaded source packages are in
        ‘/private/var/folders/bq/3jbmwwh553s395pjg1m9h7fr0000gn/T/RtmpXvl7fe/downloaded_packages’

Любые предложения о том, как установить "stringi" для установки? Я не очень хорошо знаком с выходом ошибки. Должен ли я просто попытаться вернуться к более старым версиям R и Rstudio? В конечном счете, я беспокоюсь, что это будет верхушкой айсберга с точки зрения пакетов, которые теперь не работают с обновленным R

oh и:

 > sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.7.5 (Lion)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] plyr_1.8.3   tools_3.2.1  gtable_0.1.2 Rcpp_0.11.6  grid_3.2.1  digest_0.6.8 proto_0.3-10

Ответ 1

У меня была та же проблема. Комментарий Marek выше, что install.packages ищет источник вместо двоичного, потому что он более новый, был правильным и для меня. Но его предложение использовать линию "варианты" для меня почему-то не срабатывало. Это, однако, работало:

install.packages("stringi",type="mac.binary")

Это намного проще, чем пытаться установить компилятор через Xcode для обработки исходного пакета.

Ответ 2

Вы являетесь жертвой опций install.packages.check.source, которые заставляют R попробовать установить пакет из источников, если источники новее, чем двоичные. Что происходит, когда пакет обновляется (двоичные файлы отображаются и 72 после источников). Это был случай с stringi (посмотрите полученные сообщения: here is a binary version available but the source version is later).

Я установил

options(install.packages.check.source = "no")

в моем файле .Rprofile, чтобы вас не беспокоило install.packages. Все, что мне нужно сделать, это дождаться компиляции двоичных файлов.

Ответ 3

Я пробовал install.packages("stringi"), и это заставило мой R Studio перестать распознавать пакеты, которые я установил.

Я решил это, выполнив эту команду. Надеюсь, это поможет:

install.packages("stringi", repos="http://cran.rstudio.com/", dependencies=TRUE)

Ответ 4

Вам нужно установить инструменты командной строки для Xcode в соответствии с инструкциями здесь:

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200486498-Package-Development-Prerequisites

Ответ 5

В Windows 8 запустите R, поскольку администратор решил проблему для меня.