Установка R-пакетов Ошибка в readRDS (файл): чтение ошибки из соединения

Ответ 1

1- Установите последнюю версию R из CRAN и попробуйте установить пакет.

2- Если это возможно, проверьте это с другой учетной записью пользователя.

3- Попробуйте установить пакет R локально.

4- Если существует файл RDS, созданный старой версией R, у вас может быть проблема другого типа, это предупреждение из справки R:

Предупреждение

Эти функции обеспечивают стабильный интерфейс начиная с версии 2.4.0 (когда хранилище сериализованных объектов было изменено с символьных на необработанные векторы). Однако формат сериализации может измениться в будущих версиях R, поэтому этот интерфейс не следует использовать для долгосрочного хранения объектов R.

На 3-битных платформах 2- необработанный вектор ограничен 2 ^ 31-1 байтами, но R-объекты могут превышать это значение, и их сериализация обычно будет больше, чем объекты.

Ссылка: помощь (сериализация)

Ответ 2

У меня была эта ошибка в Windows 10 после установки R 3.4.0 из 3.3.1 (все 64-разрядные). Это было разрешено путем ручной установки несвязанного пакета из CRAN (я использовал ggplot2). Не знаю, какова была основная причина, но, возможно, это будет работать и на вас.

Выход из моего кода:

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : error reading from connection
 Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘BiocInstaller’ 

Затем я перезапустил R и запустил тот же код:

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in readRDS(dest) : error reading from connection

т.е. тот же код, другая ошибка. Странно. Затем я снова перезапустил R и установил случайный пакет, затем перезапустил свой код, и он сработал.

> install.packages("ggplot2")
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.zip'
Content type 'application/zip' length 2782171 bytes (2.7 MB)
downloaded 2.7 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages
> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/effsize_0.7.1.zip'
Content type 'application/zip' length 36713 bytes (35 KB)
downloaded 35 KB

package ‘effsize’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages

effsize installed

Итак, ошибка, похоже, связана с pacman, пытающейся установить effsize.

Ответ 3

У меня тоже была такая же проблема. Я следовал инструкциям, приведенным здесь http://www.ryantmoore.org/files/ht/htrtargz.pdf, и установил все необходимые зависимости отдельно, как и когда они были необходимы.

Ответ 4

Если у вас есть один или несколько неправильно установленных пакетов (например, из-за принудительной перезагрузки во время установки), вам необходимо переустановить этот/эти пакеты. Вы можете найти их, используя этот код:

library(purrr)

.libPaths() %>%
set_names() %>%
map(function(lib) {
    .packages(all.available = TRUE, lib.loc = lib) %>%
    keep(function(pkg) {
        f <- system.file('Meta', 'package.rds', package = pkg, lib.loc = lib)
        tryCatch({readRDS(f); FALSE}, error = function(e) TRUE)
    })
})

Это вернет вложенный список, содержащий поврежденные пакеты:

$'/home/yourname/R'
[1] "brokenpkg"

$'/usr/lib64/R/library'
character(0)

$'/usr/share/R/library'
character(0)

Возможно, вам придется удалить каталоги 00LOCK-<pkgname> которые R создал в расположении библиотеки, при попытке установить пакеты.

Ответ 5

Я получаю сообщение об ошибке install.packages("mice")

• Я попробовал все, что было предложено пользователем1436187.
• После этого я попробовал запустить update.packages(). получил ту же ошибку. Я также получил сообщение об ошибке, в котором он не смог выполнить некоторую команду из-за разрешений.
• Я закрыл свой текущий сеанс R и снова перезапустил его как администратора.
• Команда Ran, которая ранее давала ошибку install.packages("mice")

Это сработало для меня.

Ответ 6

Убедитесь, что вы сохраняете файл rds в правильном формате:

saveRDS(model, "path/file.rds")

Затем прочитайте файл .rds, используя

model <- readRDS("path/file.rds")

Ответ 7

Я столкнулся с такой же ошибкой, когда установил самую последнюю версию R. много раз самая последняя версия нестабильна (для меня это было 3.4.2 от 11.08.2011). Я удалил его и установил 3.4.1 (ранее стабильная версия), теперь нет проблем.

Ответ 8

У меня была та же проблема:

readRDS(file) : error reading from connection.I did follow:

Я нашел file.rds в папке Downloads, затем сделал копию файла и поместил в другую папку. И затем я выбрал каталог в:

R Session->Set working Directory->Choose directory->my new folder

После этого действия он работает

И одна интересная вещь. Когда я скопировал файл, загруженный функцией download.file( " http://..../file.rds", "file.rds" ) и поместил файл в folder-directory, проблема осталась. Но когда я скопировал ссылку http://....../file.rds и вставил ее в адресную строку, файл был загружен в папку Загрузки на моем компьютере, из которой Я скопировал его и переместился в каталог-папку. Поэтому я не загружал файл функцией R download.file, скопировал файл из Загрузки и поместил его в папку-каталог. В этом случае он работает

Ответ 9

Я столкнулся с той же ошибкой, и я перезапустил сессию R, она работала для меня.