Подтвердить что ты не робот

ReadRDS (файл) в R

Всякий раз, когда я пытаюсь установить пакет в R, я получаю следующую ошибку:

Error in readRDS(file) : unknown input format

Это только началось после того, как у меня произошел сбой системы. Я запускаю 32-битное R 2.13.0 под Windows 7. Я попытался удалить и снова установить R, но продолжаю получать ошибку. Есть ли способ исправить это, не удаляя все (т.е. Все пакеты, которые я установил) и начинаю?

Спасибо

4b9b3361

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Вот предложения, с которыми я столкнулся:

  1. Удалите файлы .Rhistory и .RData в каталоге, в котором вы запускаете R.
  2. Запустите update.packages()

  3. Попробуйте обнаружить "плохие файлы" в каталогах вашей библиотеки. Вы можете сделать это в R

    # List the library paths
# The issue is likely to be in the first directory
paths = .libPaths()

## Try and detect bad files
list.files(paths, 
       pattern = "^00LOCK*|*\\.rds$|*\\.RDS$",
       full.names = TRUE)

## List files of size 0
l = list.files(paths, full.names = TRUE)
l[sapply(l, file.size) == 0]

    Удалите все выделенные файлы/каталоги. Вы можете использовать file.remove(), если действительно хотите.

  4. Удалите каталог, в котором вы сохранили загруженные пакеты.

Только решение 3 работало для меня.

Ссылка:

  • Список рассылки R-sig-Debian
  • Вариант 3 представлял собой комбинацию ответов, предоставленных разными людьми за последние несколько лет, в том числе Чуньсяо Сюй, Ларри Хунсикером и Фрэнком Харреллом.

Ответ 2

Запустите find /usr/local/lib/R/site-library/ /usr/lib/R/library/ /usr/lib/R/site-library/ ~/.local/lib/ -iname '*rds' -a -size 0, а затем удалите найденные файлы.

Ответ 3

Решение Chunxiao Xu и Rando Hinn выше работало для меня с небольшим изменением.

Сначала смените каталоги на свой личный каталог R-пакетов, затем запустите: find -iname '* rds' -a -size 0

Удалите каталоги, содержащие любые файлы длиной 0 в приведенном выше списке. Затем повторно запустите R (или RStudio) и переустановите удаленные пакеты.

Теперь вы можете снова просмотреть пакеты.

Исходное предложение Chunxiao Xu выше содержит список всех каталогов пакетов R. Но точное расположение этих каталогов будет отличаться от установки к установке, и их адреса должны быть отредактированы для вашей установки.

Ларри Хунсикер

Ответ 4

Что-то простое попробовать: если это файл .rda, используйте load вместо readRDS. Затем вы можете сохранить загруженный файл как .rds и попробовать readRDS снова.

Ответ 5

Вот что я должен был сделать, чтобы решить эту ошибку:

  • Откройте Rstudio, перейдите на вкладку установки в пакетах
  • Обратите внимание на путь установки в библиотеку. (Где будет сохранен ваш пакет)
  • Перейдите по пути установки библиотеки. И полностью удалите последние пакеты
  • Обновить информацию о пакете в Rstudio

Ответ 6

Это случилось со мной после того, как мне пришлось перезагрузить мою машину в середине установки нескольких пакетов R. Я удалил последние установленные пакеты, физически удалив файлы в соответствующем каталоге библиотеки, переустановил их, и все было хорошо. Мне также пришлось удалить каталог 00LOCK в каталоге библиотеки.

Ответ 7

У вас могут возникнуть проблемы с пакетами R. Посмотрите, возникла ли проблема после установки какой-либо упакованной или скопировали пакеты.

Что вы можете сделать, это скопировать все пакеты из библиотеки и сохранить их где-нибудь, а затем скопировать некоторые пакеты в библиотеку и перезапустить R-тест и посмотреть, как это работает, вы должны попробовать со всеми пакетами один за другим. У меня такая же проблема, и это связано с проблемой пакета.

Ответ 8

Я проверил эту проблему на нескольких форумах, а затем я попробовал это, и это сработало для меня:

1) Сначала снимите пакет ggplot2

remove.packages("ggplot2")

2) Установите пакет еще раз

install.packages("ggplot2")

3) перезагрузите rstudio и снова установите свой пакет, надейтесь, что это поможет

Кажется, что проблема была с требуемым пакетом (ggplot2 в моем случае) была повреждена и мешала установке любого нового зависимого пакета.

Ответ 9

У меня также было несколько проблем с открытием файла .RDS, либо "ошибка чтения из соединения", либо "неизвестный формат ввода". Я пробовал с несколькими версиями R, с версией 3.4.2. сработало следующее: (Я случайно удалил rstudio и установил его снова, также установил более старую версию R 3.4.2, не знаю, изменит ли это что-либо)

  1. создать новый рабочий каталог
  2. Я открыл файл RDS напрямую, а не загружал его (поэтому сохранял только во временные файлы), затем смог открыть его в R
  3. Я переместил его из временных файлов в свой новый рабочий каталог и использовал команду Data_Essay_Account <- readRDS("C:/.../newdirectory/Data_Essay_Account.RDS"), и это сработало.

Каким-то образом правильно загрузить его, а затем переместить его, не получилось, только после того, как он был у меня во временных файлах. Жесткое удаление пакетов у меня не сработало, так как я попробовал это изначально.

Ответ 10

В отличие от нескольких приведенных здесь ответов, моя проблема была решена не с помощью установки RStudio или очистки локальных файлов, а путем перезаписи файла RDS.

Я мог подтвердить это, потому что файл хранился в облаке, и чтение его с различных ноутбуков Windows и Mac не удалось, но аналогичные файлы RDS из того же контейнера S3 работали без проблем.

Когда я переписал файл RDS, проблема исчезла.