Tomcat реализует только веб-контейнер архитектуры Java Enterprise Edition. Напротив, например, GlassFish реализует полный стек Java EE. Этот обсуждался в stackoverflow.
Однако для начинающего Java EE, подобного мне, трудно представить, что нельзя сделать с Tomcat. Не могли бы вы привести несколько коротких примеров?