Я часто получаю несколько вложенных циклов foreach, а иногда при написании общих функций (например, для пакета) нет уровня, который очевидно для параллелизации. Есть ли способ выполнить то, что описывает макет ниже?
foreach(i = 1:I) %if(I < J) `do` else `dopar`% {
foreach(j = 1:J) %if(I >= J) `do` else `dopar`% {
# Do stuff
}
}
Кроме того, есть ли способ определить, зарегистрирован ли параллельный бэкэнд, чтобы я мог избежать ненужных предупреждающих сообщений? Это было бы полезно как при проверке пакетов до подачи CRAN, так и для того, чтобы не беспокоить пользователей, работающих R на одноядерных компьютерах.
foreach(i=1:I) %if(is.parallel.backend.registered()) `dopar` else `do`% {
# Do stuff
}
Спасибо за ваше время.
Изменить: Большое спасибо за отзывы всех разработчиков и разработчиков, и вы правы в том, что лучший способ справиться с приведенным выше примером - переосмыслить всю установку. Я бы предпочел что-то вроде ниже, чтобы идея triu, но по сути это одна и та же точка. И это, конечно же, можно было бы сделать с помощью параллельного tapply, например, предложенного Джорисом.
ij <- expand.grid(i=1:I, j=1:J)
foreach(i=ij$I, j=ij$J) %dopar% {
myFuction(i, j)
}
Однако, пытаясь упростить ситуацию, вызвавшую эту тему, я не рассмотрел некоторые важные детали. Представьте, что у меня есть две функции analyse и batch.analyse, и лучший уровень для распараллеливания может быть различным в зависимости от значений n.replicates и n.time.points.
analyse <- function(x, y, n.replicates=1000){
foreach(r = 1:n.replicates) %do% {
# Do stuff with x and y
}
}
batch.analyse <- function(x, y, n.replicates=10, n.time.points=1000){
foreach(tp = 1:time.points) %do% {
my.y <- my.func(y, tp)
analyse(x, my.y, n.replicates)
}
}
Если n.time.points > n.replicates имеет смысл распараллеливаться в batch.analyse, но в противном случае имеет смысл распараллеливаться в analyse. Любые идеи о том, как справиться с этим? Как-то можно было бы обнаружить в analyse, если распараллеливание уже произошло?
