Я хотел бы сделать простую цепочку марков первого порядка в R. Я знаю, что есть такие пакеты, как MCMC, но не смог найти ее для графического отображения. Возможно ли это? Было бы неплохо, если бы была задана матрица перехода и начальное состояние, можно визуально увидеть путь через цепочку марков (возможно, я должен сделать это вручную...).
Спасибо.
Это показывает, как применить матрицу случайного перехода к конкретному стартовому вектору: c (1,0,0,0):
set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4)
# need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm) # for the %^% function
matplot( t( # need to transpose to get arguments to matplot correctly
sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x) ) ) )
Вы можете видеть, что он приближается к равновесию:
В пакете coda (http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html) есть инструменты для анализа результатов MCMC, включая некоторые функции построения графиков.
Возможно, этот запрос на Biostar может помочь вам: Визуализация HMM файлов HMMER3. Он указывает на два внешних приложения: LogoMat-M и HMMeditor, для визуализации профиля скрытых марковских моделей (pHMM).
Вы можете использовать пакет markovchain R, который моделирует цепочки Markrete Markes и содержит средство построения графиков на основе пакета igraph.
library(markovchain) #loading the package
myMatr<-matrix(c(0,.2,.8,.1,.8,.1,.3,0,.7),byrow=TRUE,nrow = 3) #defining a transition matrix
rownames(myMatr)<-colnames(myMatr)<-c("a","b","c")
myMc<-as(myMatr, "markovchain")
plot(myMc)