Иногда R бросает мне такие ошибки, как
Ошибка в if (ncol (x)!= 2) {: аргумент имеет длину 0
без дополнительной информации, когда я не написал такой код. Есть ли общий способ для поиска какой функции, в которой пакет вызывает ошибку?
Поскольку большинство пакетов сжимаются, это не тривиально для grep /usr/lib/R/library.
Вы можете использовать traceback(), чтобы найти, где произошла последняя ошибка. Обычно это укажет на вызов, который вы выполняете в своей функции. Затем я обычно кладу browser() в эту точку, снова запускаю функцию и вижу, что происходит неправильно.
Например, здесь представлены две функции:
f2 <- function(x)
{
if (x==1) "foo"
}
f <- function(x)
{
f2(x)
}
Обратите внимание, что f2() принимает аргумент длины 1. Мы можем злоупотреблять f:
> f(NULL)
Error in if (x == 1) "foo" : argument is of length zero
Теперь мы можем использовать traceback(), чтобы найти то, что пошло не так:
> traceback()
2: f2(x) at #3
1: f(NULL)
Число означает, насколько мы глубоко вложенные функции. Итак, мы видим, что f вызывает f2, и это дает ошибку в строке 3. Довольно ясно. Мы могли бы переназначить f с помощью browser, помещенного непосредственно перед вызовом f2, чтобы проверить его ввод. browser() просто позволяет вам прекратить выполнение функции и осмотреть ее среду. Подобно debug и debugonce, за исключением того, что вам не нужно выполнять каждую строку до тех пор, пока вы не узнаете, что что-то пошло не так.
Чтобы добавить к тому, что уже предлагал @SachaEpskamp, настройка options(error=recover) и options(show.error.locations=TRUE) может быть чрезвычайно полезна при отладке незнакомого кода. Первое приводит к тому, что R запускает сеанс отладки при ошибке, предоставляя вам возможность вызывать браузер в любой точке стека вызовов до этой ошибки. Вторая опция сообщит R, чтобы указать номер строки источника в ошибке.