Я управляю Depends, предлагает и импортирует файл описания. и, наконец, я отправлю свой пакет на CRAN. Но при установке пакета он устанавливает только пакеты, которые депонируются в CRAN не для пакетов bioconductor. кроме того, у него есть ошибка зависимостей пакетов для Mac OS:
проверить журнал для Mac OS
Что может быть проблемой? и как я мог его исправить?
С уважением,
Нет механизма, с помощью которого install.packages() может установить из Bioconductor по умолчанию в R (, по крайней мере, не по умолчанию, я не проверял, имеет ли BioC инфраструктуру репо, чтобы разрешить ее, если она правильно вызвана). [См. Комментарий Мартина Моргана (см. Ниже), где можно найти инструкции по настройке R, чтобы install.packages() мог установить из репозиториев Bioconductor.]
Для установки пакета Bioconductor обычно выполняется:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
который необходимо выполнить независимо от install.packages().
Ошибка при проверке Mac OS X потенциально является ошибкой конфигурации на этом конкретном сервере. Как говорит @DWin, вы должны взять это с помощью CRAN, чтобы добраться до корня этой конкретной проблемы. Насколько я знаю, CRAN должен иметь все пакеты Bioconductor.
В R 3.0.2 выполняются следующие действия:
setRepositories(ind=1:2)
Во время этой записи значение ind может принимать вектор со значениями от 1 до 8 и следующее значение:
1: CRAN
2: BioC software
3: BioC annotation
4: BioC experiment
5: BioC extra
6: Omegahat
7: R-Forge
8: rforge.net
Этот список можно получить, вызвав setRepositories(graphics=F), который также позволяет интерактивно выбирать репозитории, которые будут установлены из.
Это не документировано нигде, но трюк заключается в том, что вы добавляете строку, которая говорит biocViews: в вашем файле DESCRIPTION (да, она заканчивается двоеточием, а затем нет необходимости перечислять что-либо, вы можете оставить ее пустой), Тогда R будет знать, чтобы проверить хранилища биоконденсаторов для требований к пакетам.