в основном при добавлении маркера на карту он возвращает новый маркер, и вы можете получить идентификатор маркера от него так
Marker m = map.addMarker(new MarkerOptions()
.position(new LatLng(lat,lon)));
String id = m.getId();
Есть ли способ получить маркер по его идентификатору, если есть много маркеров, и вы просто хотите его удалить?