По умолчанию, нажатие сочетаний клавиш быстрого доступа Ctrl + /, имеет следующее поведение:
Обратите внимание, что // добавляется в крайнее левое положение строки.
Есть ли способ установить его так, чтобы // отображался на том же уровне отступа, что и код, который закомментирован?
например. 
Возможно, привычка Python, но мне гораздо легче разобрать, когда все на одном уровне отступа.
Есть ли способ изменить, где появляются черты?
Да, это возможно. перейдите по этой ссылке для подробной информации
Сначала перейдите в "Настройки", затем
В левой части окна разверните параметр Java, затем разверните код Стиль и, наконец, нажмите Formatter
Вы попадете на страницу профиля Java:
Другим временным способом является CTRL + SHIFT + F ярлык (Eclipse: измените стиль комментариев блока ctrl + shift +/), Поэтому выделите эти комментарии и нажмите комбо.
Затем я также использовал бы ярлык для CTRL + SHIFT + F, например ALT + F5 (нажмите CTRL + 3, 'keys', чтобы получить страницу настроек.