Создание пакета R Недокументированные объекты кода

Я написал пакет R для интеграции с электронными медицинскими записями. Я думаю, что я правильно добавил импорт и зависимости в файле DESCRIPTION и документировал все через roxygen2, но по трем моим функциям (которые находятся в одном файле) я получаю это предупреждение при запуске devtools:: check ( "." ):

* checking for missing documentation entries ... WARNING
Undocumented code objects:
  'add_to_database' 'database' 'import_CPRD_data'
All user-level objects in a package should have documentation entries.

Я думаю, что я документировал их так же, как и все мои другие функции, которые в порядке. Вот одна из проблемных функций с документацией roxygen2:

#' Wrapper for dbconnect
#' 
#' Connects to a SQLite database or creates one if it does not already exist
#' 
#' If the '.sqlite' file extension is ommited from the dbname argument it is automatically added.
#'
#' @export
#' 
#' @param dbname character name path to database file
#' @return SQLiteConnection object
#' @examples \dontrun{
#' db <- database("mydb")
#' }
database <- function(dbname){
    if(!str_detect(dbname, "\\.sqlite$")) {
        dbname <- paste(dbname, "sqlite", sep = ".")
    } 
    dbConnect(SQLite(), dbname)
}

Как я могу избавиться от этой ошибки? Я добавил stringr и RSQLite в раздел зависимости файла DESCRIPTION, и они отображаются в NAMESPACE, поэтому я не думаю, что это проблема импорта, но тогда что я не могу документировать? Полный пакет здесь, а файл с файлом с нарушающими функциями здесь. Я просмотрел руководство по написанию R-расширений и не могу найти проблему - не знаю, смогу ли я просто ослепнуть, но я не вижу, что я делаю по-разному в этих функциях от других, которые я написал!

Ответ 1

Вы используете roxygen, но, скорее всего, вы не будете генерировать свой пакет в сборке.

Вызов:

roxygen2::roxygenize('.', roclets=c('rd', 'collate', 'namespace'))

или, если вы используете RStudio, отредактируйте параметры проекта (меню "Инструменты" ) и на вкладке "Инструменты сборки" установите "Создать документацию с помощью Roxygen".

Ответ 2

EDIT:

@R Йода решил проблему, изложенную в моем "ответе": она была связана с конфликтом между .Rbuildignore и именем функции (более precisley, имя файла документации по функциям).

Такая же проблема. И для меня это было связано с именем функции. Когда имя функции ниже load_rdata (или loadrdata), я получаю предупреждение Undocumented code objects: 'load_rdata'. Когда я переименую функцию в load_rda, все в порядке.

Я знаю, что это половина вопроса (почему это происходит), половина ответа (возможно, из-за имен функций), но я подумал, что это может помочь кому-то прийти к этому вопросу.

#' Load RData file.
#' 
#' @param file An RData file saved via \code{\link[base]{save}}.
#' @return The object save in \code{file}.
#' @references \url{http://stackoverflow.com/a/5577647}
#' @export
load_rdata <- function(file = NULL) {
    env <- new.env()
    nm <- load(file, env)[1]
    env[[nm]]
}

Это результат от sesssionInfo() и воспроизводится при использовании devtools 1.12.0 и roxygen2 6.0.0.

R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252  LC_CTYPE=German_Germany.1252    LC_MONETARY=German_Germany.1252
[4] LC_NUMERIC=C                    LC_TIME=German_Germany.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] devtools_1.12.0.9000 roxygen2_6.0.0.9000 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] R6_2.2.0            magrittr_1.5        tools_3.3.2         withr_1.0.2         memoise_1.0.0      
 [6] Rcpp_0.12.9         xml2_1.1.1          stringi_1.1.2       pkgload_0.0.0.9000  digest_0.6.12      
[11] stringr_1.1.0       pkgbuild_0.0.0.9000 commonmark_1.1

Ответ 3

У меня была аналогичная проблема при выполнении R CMD check:

Status: 1 WARNING
checking for missing documentation entries ... WARNING
Undocumented code objects:
  ‘build.log.output’

После удаления всех файлов шаг за шагом я нашел причину: Файл .Rbuildignore! Он содержал (помимо других строк) одну строку с

^.*\.log

Последняя строка делает R игнорирование всех файлов, содержащих ".log" в его имени, и моя функция была названа "build.log.output", что заставило R игнорировать файл документации "build.log.output.Rd", сгенерированный Roxygen2 при создании файла пакета.

Поэтому R CMD check не удалось найти документацию в файле пакета!

Решение:

Улучшите регулярное выражение, чтобы игнорировать только реальные файлы журнала:

^.*\.log$

( "$" означает соответствие конца строки).

Voila: -)