Я хотел бы создать график, изображающий 14 линейных хромосом для организма, над которым я работаю, в масштабе, с цветными полосками в определенных местах вдоль каждой хромосомы. В идеале я бы хотел использовать R, поскольку это единственный язык программирования, с которым у меня есть опыт.
Я изучил различные способы сделать это, например. с GenomeGraphs, но я обнаружил, что это все сложнее, чем то, что я хочу/отображает гораздо больше данных, чем то, что у меня есть (например, отображение цитогенных полос) и часто специфично для человеческих хромосом.
Все, что мне нужно, это 14 серых полос следующих размеров:
chromosome size
1 640851
2 947102
3 1067971
4 1200490
5 1343557
6 1418242
7 1445207
8 1472805
9 1541735
10 1687656
11 2038340
12 2271494
13 2925236
14 3291936
И затем, чтобы иметь цветные метки, изображающие около 150 местоположений, разбросанных по длинам хромосом. например метки в этих локусах:
Chromosome Position
3 817702
12 1556936
13 1131566
В идеале я также хотел бы указать несколько разных цветов в зависимости от локусов, например
Chromosome Position Type
3 817702 A
12 1556936 A
13 1131566 A
5 1041685 B
11 488717 B
14 1776463 B
Где "A" отмечен синим цветом, а "B" отмечен, например, зеленым цветом.
Очень похожий сюжет того, что я хотел бы произвести, наклеивается на этом изображении (от Bopp et al., Plos Genetics 2013; 9 (2): e1003293):
Может кто-нибудь порекомендовать способ сделать это? Это не обязательно должен быть пакет биоинформатики, если есть другой способ, я могу использовать R для создания 14 баров определенных пропорциональных размеров с отметками в определенных местах вдоль полос. например Я думал об изменении простой гистограммы из ggplot2, но я не знаю, как помещать метки вдоль полос в определенных местах.
