У меня есть ситуация, когда я рисую дендрограмму с точками данных, которые поставляются с метками класса. Я хочу видеть, что агломеративные группы кластеров объединяют те же метки. Цветовое кодирование этикеток позволяет легко читать такую дендрограмму. Есть ли способ, которым мы можем достичь этого с помощью ggdendro в R?
Маркировка ggdendro оставляет в нескольких цветах
Ответ 1
Похищение большей части настроек из этого сообщения...
library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
ddata_x <- dendro_data(dd.row)
p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) +
geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend))
... и добавление фактора группировки...
labs <- label(ddata_x)
labs$group <- c(rep("Clust1", 5), rep("Clust2", 2), rep("Clust3", 4))
labs
# x y text group
# 1 1 0 carb Clust1
# 2 2 0 wt Clust1
# 3 3 0 hp Clust1
# 4 4 0 cyl Clust1
# 5 5 0 disp Clust1
# 6 6 0 qsec Clust2
# 7 7 0 vs Clust2
# 8 8 0 mpg Clust3
# 9 9 0 drat Clust3
# 10 10 0 am Clust3
# 11 11 0 gear Clust3
... вы можете использовать аргумент aes(colour=) для geom_text() для окраски ваших меток:
p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group))
(Если вы хотите предоставить свои собственные цвета, вы можете использовать scale_colour_manual(), делая что-то вроде этого:
p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) +
scale_colour_manual(values=c("blue", "orange", "darkgreen"))