Если нет никакой разницы, зачем иметь два параметра сервера для достижения одного поведения?
Mysql: В чем разница между "slow_query_log" и "log_slow_queries"
Ответ 1
log_slow_queries устарел в MySQL 5.1.29 на slow-query-log.
Справочное руководство по MySQL 5.1 содержит более подробную информацию.
Ответ 2
Из документации mysql:
Параметр -log-slow-queries устарел и удаляется (вместе с системная переменная log_slow_queries) в MySQL 5.6. Вместо этого используйте --slow_query_log, чтобы включить медленный журнал запросов и параметр --slow_query_log_file = имя_файла, чтобы установить имя файла журнала медленного запроса.
Смотрите здесь: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-options.html#option_mysqld_log-slow-queries