Подтвердить что ты не робот

Выравнивание отдельных графиков без привязки в ggplot2 с использованием Rpy2 в Python

Я объединяю два разных графика в макет сетки с grid, как это было предложено @lgautier в rpy2, используя python. Верхний график - это плотность, а внизу - гистограмма:

iris = r('iris')
import pandas

# define layout
lt = grid.layout(2, 1)
vp = grid.viewport(layout = lt)
vp.push()

# first plot
vp_p = grid.viewport(**{'layout.pos.row': 1, 'layout.pos.col':1})
p1 = ggplot2.ggplot(iris) + \
    ggplot2.geom_density(aes_string(x="Sepal.Width",
                                    colour="Species")) + \
    ggplot2.facet_wrap(Formula("~ Species"))
p1.plot(vp = vp_p)

# second plot
mean_df = pandas.DataFrame({"Species": ["setosa", "virginica", "versicolor"],
                            "X": [10, 2, 30],
                            "Y": [5, 3, 4]})
mean_df = pandas.melt(mean_df, id_vars=["Species"])
r_mean_df = get_r_dataframe(mean_df)
p2 = ggplot2.ggplot(r_mean_df) + \
     ggplot2.geom_bar(aes_string(x="Species",
                                 y="value",
                                 group="variable",
                                 colour="variable"),
                      position=ggplot2.position_dodge(),
                      stat="identity")
vp_p = grid.viewport(**{'layout.pos.row': 2, 'layout.pos.col':1})
p2.plot(vp = vp_p)

то, что я получаю, близок к тому, что я хочу, но графики не точно выровнены (показаны стрелками, которые я добавил):

enter image description here

Я бы хотел, чтобы области сюжета (а не легенды) точно совпадали. Как это можно достичь? разница здесь не такая большая, но по мере того, как вы добавляете условия на гистограмму ниже или делаете их уклоненными гистограммами с помощью position_dodge, различия могут стать очень большими, а графики не выровнены.

Стандартное решение ggplot не может быть легко переведено на rpy2:

arrange выглядит как grid_arrange в gridExtra:

>>> gridExtra = importr("gridExtra")
>>> gridExtra.grid_arrange
<SignatureTranslatedFunction - Python:0x430f518 / R:0x396f678>

ggplotGrob недоступен из ggplot2, но доступен как:

>>> ggplot2.ggplot2.ggplotGrob

Хотя я понятия не имею, как получить доступ к grid::unit.pmax:

>>> grid.unit
<bound method type.unit of <class 'rpy2.robjects.lib.grid.Unit'>>
>>> grid.unit("pmax")
Error in (function (x, units, data = NULL)  : 
argument "units" is missing, with no default
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in (function (x, units, data = NULL)  : 
argument "units" is missing, with no default

поэтому не понятно, как перевести стандартное решение ggplot2 в rpy2.

edit: как указывали другие, grid::unit.pmax - grid.unit_pmax. Я все еще не знаю, как получить доступ к rpy2 параметру widths объектов grob, хотя это необходимо для того, чтобы установить ширину графиков как ширины сюжета. У меня есть:

gA = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p1)
gB = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p2)

g = importr("grid")
print "gA: ", gA
maxWidth = g.unit_pmax(gA.widths[2:5], gB.widths[2:5])

gA.widths не является правильным синтаксисом. Объект grob gA печатает как:

gA:  TableGrob (8 x 13) "layout": 17 grobs
    z         cells       name                                    grob
1   0 ( 1- 8, 1-13) background          rect[plot.background.rect.350]
2   1 ( 4- 4, 4- 4)    panel-1                gTree[panel-1.gTree.239]
3   2 ( 4- 4, 7- 7)    panel-2                gTree[panel-2.gTree.254]
4   3 ( 4- 4,10-10)    panel-3                gTree[panel-3.gTree.269]
5   4 ( 3- 3, 4- 4)  strip_t-1    absoluteGrob[strip.absoluteGrob.305]
6   5 ( 3- 3, 7- 7)  strip_t-2    absoluteGrob[strip.absoluteGrob.311]
7   6 ( 3- 3,10-10)  strip_t-3    absoluteGrob[strip.absoluteGrob.317]
8   7 ( 4- 4, 3- 3)   axis_l-1 absoluteGrob[axis-l-1.absoluteGrob.297]
9   8 ( 4- 4, 6- 6)   axis_l-2         zeroGrob[axis-l-2.zeroGrob.298]
10  9 ( 4- 4, 9- 9)   axis_l-3         zeroGrob[axis-l-3.zeroGrob.299]
11 10 ( 5- 5, 4- 4)   axis_b-1 absoluteGrob[axis-b-1.absoluteGrob.276]
12 11 ( 5- 5, 7- 7)   axis_b-2 absoluteGrob[axis-b-2.absoluteGrob.283]
13 12 ( 5- 5,10-10)   axis_b-3 absoluteGrob[axis-b-3.absoluteGrob.290]
14 13 ( 7- 7, 4-10)       xlab             text[axis.title.x.text.319]
15 14 ( 4- 4, 2- 2)       ylab             text[axis.title.y.text.321]
16 15 ( 4- 4,12-12)  guide-box                       gtable[guide-box]
17 16 ( 2- 2, 4-10)      title               text[plot.title.text.348]

update: сделал некоторый прогресс при доступе к ширине, но все равно не может перевести решение. Чтобы установить ширину grobs, у меня есть:

# get grobs
gA = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p1)
gB = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p2)
g = importr("grid")
# get max width
maxWidth = g.unit_pmax(gA.rx2("widths")[2:5][0], gB.rx2("widths")[2:5][0])
print gA.rx2("widths")[2:5]
wA = gA.rx2("widths")[2:5]
wB = gB.rx2("widths")[2:5]
print "before: ", wA[0]
wA[0] = robj.ListVector(maxWidth)
print "After: ", wA[0]
print "before: ", wB[0]
wB[0] = robj.ListVector(maxWidth)
print "after:", wB[0]
gridExtra.grid_arrange(gA, gB, ncol=1)

Он работает, но не работает. Выход:

[[1]]
[1] 0.740361111111111cm

[[2]]
[1] 1null

[[3]]
[1] 0.127cm


before:  [1] 0.740361111111111cm

After:  [1] max(0.740361111111111cm, sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm))

before:  [1] sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm)

after: [1] max(0.740361111111111cm, sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm))

update2: реализовано как @baptiste указало, что было бы полезно показать чистую R-версию того, что я пытаюсь воспроизвести в rpy2. Здесь чистая версия R:

df <- data.frame(Species=c("setosa", "virginica", "versicolor"),X=c(1,2,3), Y=c(10,20,30))
p1 <- ggplot(iris) + geom_density(aes(x=Sepal.Width, colour=Species))
p2 <- ggplot(df) + geom_bar(aes(x=Species, y=X, colour=Species))
gA <- ggplotGrob(p1)
gB <- ggplotGrob(p2)
maxWidth = grid::unit.pmax(gA$widths[2:5], gB$widths[2:5])
gA$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gB$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
grid.arrange(gA, gB, ncol=1)

Я думаю, что это вообще работает для двух панелей с легендами, которые имеют разные грани в ggplot2, и я хочу реализовать это в rpy2.

update3: он почти заработал, построив FloatVector по одному элементу за раз:

maxWidth = []
for x, y in zip(gA.rx2("widths")[2:5], gB.rx2("widths")[2:5]):
    pmax = g.unit_pmax(x, y)
    print "PMAX: ", pmax
    val = pmax[1][0][0]
    print "VAL->", val
    maxWidth.append(val)
gA[gA.names.index("widths")][2:5] = robj.FloatVector(maxWidth)
gridExtra.grid_arrange(gA, gB, ncol=1)

однако это создает дамп segfault/core:

Error: VECTOR_ELT() can only be applied to a 'list', not a 'double'
*** longjmp causes uninitialized stack frame ***: python2.7 terminated
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__fortify_fail+0x37)[0x7f83742e2817]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x10a78d)[0x7f83742e278d]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__longjmp_chk+0x33)[0x7f83742e26f3]
...
7f837591e000-7f8375925000 r--s 00000000 fc:00 1977264                    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/gconv/gconv-modules.cache
7f8375926000-7f8375927000 rwxp 00000000 00:00 0 
7f8375927000-7f8375929000 rw-p 00000000 00:00 0 
7f8375929000-7f837592a000 r--p 00022000 fc:00 917959                     /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7f837592a000-7f837592c000 rw-p 00023000 fc:00 917959                     /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7ffff4b96000-7ffff4bd6000 rw-p 00000000 00:00 0                          [stack]
7ffff4bff000-7ffff4c00000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vsyscall]
Aborted (core dumped)

Обновление: награда завершена. Я благодарен полученным ответам, но ни один ответ не использует rpy2, и это вопрос rpy2, поэтому технически ответы не на тему. Существует простое решение R для этой проблемы (даже если это не решение этого вообще, как указал @baptiste), и вопрос состоит в том, как перевести его в rpy2

4b9b3361

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Выравнивание двух графиков становится намного сложнее, если речь идет о грани. Я не знаю, есть ли общее решение, даже в R. Рассмотрим этот сценарий,

p1 <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point() + 
  facet_wrap(~ cyl, ncol=2,scales="free")
p2 <- p1 + facet_null() + aes(colour=am) + ylab("this\nis taller")

gridExtra::grid.arrange(p1, p2)

enter image description here

С некоторыми работами вы можете сравнить ширину для левой оси и легенды (которые могут или не могут присутствовать на правой стороне).

library(gtable)

# legend, if it exists, may be the second last item on the right, 
# unless it not on the right side.
locate_guide <- function(g){
  right <- max(g$layout$r)
  gg <- subset(g$layout, (grepl("guide", g$layout$name) & r == right - 1L) | 
                 r == right)
  sort(gg$r)
}

compare_left <- function(g1, g2){

  w1 <- g1$widths[1:3]
  w2 <- g2$widths[1:3]
  unit.pmax(w1, w2)
}

align_lr <- function(g1, g2){

  # align the left side 
  left <- compare_left(g1, g2)
  g1$widths[1:3] <- g2$widths[1:3] <- left

  # now deal with the right side

  gl1 <- locate_guide(g1)
  gl2 <- locate_guide(g2)

  if(length(gl1) < length(gl2)){
    g1$widths[[gl1]] <- max(g1$widths[gl1], g2$widths[gl2[2]]) +
      g2$widths[gl2[1]]
  }
  if(length(gl2) < length(gl1)){
    g2$widths[[gl2]] <- max(g2$widths[gl2], g1$widths[gl1[2]]) +
      g1$widths[gl1[1]]
  }
  if(length(gl1) == length(gl2)){
    g1$widths[[gl1]] <-  g2$widths[[gl2]] <- unit.pmax(g1$widths[gl1], g2$widths[gl2])
  }

  grid.arrange(g1, g2)
}

align_lr(g1, g2)

enter image description here

Обратите внимание, что я не тестировал другие случаи; Я уверен, что это очень легко сломать. Насколько я понимаю из документов, rpy2 предоставляет механизм использовать произвольный фрагмент кода R, поэтому преобразование не должно быть проблема.

Ответ 2

Разделите легенды с сюжетов (см. ggplot отдельную легенду и график), затем используйте grid.arrange

library(gridExtra)
g_legend <- function(a.gplot){
      tmp <- ggplot_gtable(ggplot_build(a.gplot))
     leg <- which(sapply(tmp$grobs, function(x) x$name) == "guide-box")
     legend <- tmp$grobs[[leg]]
     legend
 }
 legend1 <- g_legend(p1)
 legend2 <- g_legend(p2)

grid.arrange(p1 + theme(legend.position = 'none'), legend1, 
             p2 + theme(legend.position = 'none'), legend2,
            ncol=2, widths = c(5/6,1/6))

Это, очевидно, реализация R.

Ответ 3

Неподтвержденный перевод ответа с помощью gridExtra grid.arrange(). Левые стороны графиков (где метки для оси y) не всегда могут быть выровнены.

from rpy2.robjects.packages import importr
gridextra = importr('gridExtra')
from rpy2.robjects.lib import ggplot2
_ggplot2 = ggplot2.ggplot2
def dollar(x, name): # should be included in rpy2.robjects, may be...
    return x[x.index(name)]

def g_legend(a_gplot):
    tmp = _ggplot2.ggplot_gtable(_ggplot2.ggplot_build(a_gplot))
    leg = [dollar(x, 'name')[0] for x in dollar(tmp, 'grobs')].index('guide-box')
    legend = dollar(tmp, 'grobs')[leg]
    return legend
legend1 = g_legend(p1)
legend2 = g_legend(p2)
nolegend = ggplot2.theme(**{'legend.position': 'none'})
gridexta.grid_arrange(p1 + nolegend, legend1, 
                      p2 + nolegend, legend2,
                      ncol=2, widths = FloatVector((5.0/6,1.0/6)))