Похоже, что большинство дифференциальных пакетов экспрессии генов для RNA-Seq записаны в R.
Examples include:
- edgeR
- limma
- DESeq
Являются ли какие-либо подобные (и простые в использовании) пакеты доступными для Python или какие-либо из пакетов R были перенесены?
Лучшее, что я мог найти, было:
- https://bcbio.wordpress.com/2009/09/13/differential-expression-analysis-with-bioconductor-and-python/
- http://dept.stat.lsa.umich.edu/~kshedden/Python-Workshop/gene_expression_comparison.html
Но я действительно не хочу использовать rpy2 (1-я ссылка). Вторая ссылка, вероятно, я начну, но сначала я хотел убедиться, что я не изобретаю колесо.
