У меня есть таблица, которую я хотел бы вывести в формате PDF из документа rmarkdown. Однако, с моими ограниченными навыками латекса, я не могу понять, как получить охват столбцов, границ ячеек и шрифта, как я их хочу, используя xtable с различными дополнениями Latex.
Мне удалось получить то, что я хотел, используя функцию FlexTable из пакета ReporteRs, но похоже, что FlexTable может использоваться только с rmarkdown для вывода html-вывода, но не для вывода PDF файла.
Итак, я ищу помощь в форматировании моей таблицы с помощью xtable или любого другого R-пакета или (возможно, настраиваемого) R-функции, которое можно использовать для программного создания достаточно сложных таблиц для вывода PDF. Кроме того, если есть способ уговорить FlexTable работать с выходом PDF, это тоже будет здорово.
Ниже я создаю таблицу, используя FlexTable, чтобы вы могли видеть, к чему я стремлюсь. После этого я предоставляю образец rmarkdown, показывающий, где я получил до сих пор (несколько хромых) попыток создать подобную таблицу, используя xtable.
ReporteRs::FlexTable версия
Сначала создайте данные, которые войдут в таблицу:
library(ReporteRs)
x = structure(c(34L, 6L, 9L, 35L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = structure(list(
Actual = c("Fail", "Pass"), Predicted = c("Fail", "Pass")), .Names = c("Actual",
"Predicted")), class = "table")
x=cbind(x, prop.table(x), prop.table(x, 1), prop.table(x,2))
x[, -c(1,2)] = sapply(x[,-c(1,2)], function(i) paste0(sprintf("%1.1f", i*100),"%"))
x = cbind(Actual=rownames(x), x)
Теперь для создания и форматирования FlexTable:
# Set up general table properties and formatting
cell_p = cellProperties(padding.right=3, padding.left=3)
par_p = parProperties(text.align="right")
# Create table
ft = FlexTable(x, header.columns=FALSE, body.cell.props=cell_p, body.par.props=par_p)
# Add three header rows
ft = addHeaderRow(ft, text.properties=textBold(), c("","Predicted"),
colspan=c(1,8), par.properties=parCenter())
ft = addHeaderRow(ft, text.properties=textBold(),
value=c("", "Count", "Overall\nPercent", "Row\nPercent", "Column\nPercent"),
colspan=c(1,rep(2,4)), par.properties=parCenter())
ft = addHeaderRow(ft, text.properties=textItalic(), par.properties=parCenter(),
value=colnames(x))
# Format specific cells
ft[1:2, 1, to="header", side="left"] = borderProperties(color="white")
ft[1:2, 1, to="header", side="top"] = borderProperties(color="white")
ft[3, 1, to="header"] = textProperties(font.style="normal", font.weight="bold")
ft[ , 1] = textProperties(font.style="italic")
ft[ , 2:3] = cellProperties(padding.right=7, padding.left=7)
ft[ , 1] = cellProperties(padding.right=10, padding.left=10)
# Display ft
ft
И вот как выглядит финальная таблица (это скриншот PNG таблицы, отображаемой в окне браузера):
Теперь для моей попытки сделать то же самое с xtable.
xtable версия
Здесь rmarkdown и файл header.tex:
---
title: "Untitled"
author: "eipi10"
date: "11/19/2016"
output:
pdf_document:
fig_caption: yes
includes:
in_header: header.tex
---
```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE)
```
```{r}
# Fake confusion matrix to work with
x = structure(c(34L, 6L, 9L, 35L), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = structure(list(
Actual = c("Fail", "Pass"), Predicted = c("Fail", "Pass")), .Names = c("Actual",
"Predicted")), class = "table")
x=cbind(x, prop.table(x), prop.table(x, 1), prop.table(x,2))
x[, -c(1,2)] = sapply(x[,-c(1,2)], function(i) paste0(sprintf("%1.1f", i*100),"%"))
x = cbind(Actual=rownames(x), x)
```
```{r use_xtable, results="asis"}
# Output the confusion matrix created above as a latex table
library(xtable)
options(xtable.comment=FALSE)
# This is a modified version of a function created in the following SO answer:
# http://stackoverflow.com/a/38978541/496488
make_addtorow <- function(row.name, terms, colSpan, width) {
# Custom row function
paste0(row.name,
paste0('& \\multicolumn{', colSpan, '}{C{', width, 'cm}}{',
terms,
'}',
collapse=''),
'\\\\')
}
addtorow <- list()
addtorow$pos <- list(-1,-1,-1,-1)
addtorow$command <- c(
"\\hline",
make_addtorow("", c("Predicted"), 8, 12),
"\\hline",
make_addtorow("", c("Count", "Percent", "Row Percent", "Column Percent"), 2, 3)
)
xtbl = xtable(x, caption="Created with xtable")
align(xtbl) <- c("|L{0cm}|", "L{1.2cm}|", rep("R{1cm}|",8))
print(xtbl,
include.rownames=FALSE,
tabular.environment="tabularx",
width="0.92\\textwidth",
add.to.row = addtorow)
```
Файл header.tex, который используется для вставки в документ rmarkdown выше:
% xtable manual: https://cran.r-project.org/web/packages/xtable/vignettes/xtableGallery.pdf
\usepackage{array}
\usepackage{tabularx}
\newcolumntype{L}[1]{>{\raggedright\let\newline\\
\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\newcolumntype{C}[1]{>{\centering\let\newline\\
\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\newcolumntype{R}[1]{>{\raggedleft\let\newline\\
\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\newcolumntype{P}[1]{>{\raggedright\tabularxbackslash}p{#1}}
% Caption on top
% http://tex.stackexchange.com/a/14862/4762
\usepackage{floatrow}
\floatsetup[figure]{capposition=top}
И вот что выглядит таблица в выводе PDF:
