В документации по parse_ini_file указано, что вы не можете использовать эти символы {}|&~
Ответ 1
В руководстве эти символы не могут использоваться в ключе - напротив значение. Чтобы использовать их в значениях, дважды укажите строку.
Ответ 2
Попробуйте использовать INI_SCANNER_RAW (из той же документации) для scanner_mode:
parse_ini_file ( $filename, true, INI_SCANNER_RAW );