Проекты в моей рабочей области также находятся в "Группе проектов" из корневого каталога для набора проектов. (Что Eclipse называл бы "рабочей областью" для всех проектов или "Рабочим набором" для подмножества проектов.)
В C:\Users\<myname>\AppData\Roaming\NetBeans\8.0.2\config\Preferences\org\netbeans\modules\projectui\groups\<mygroup>.properties указан путь к группе проектов.
В проводнике переместите (: или скопируйте, если вы достаточно параноичны:), ваши каталоги рабочей области на новый диск.
Отредактируйте этот файл и измените местоположение диска для группы.
Теперь NetBeans увидит новое местоположение при его открытии и загрузит рабочее пространство и группы.
Используйте File / Project Groups ..., чтобы убедиться, что вы смотрите на группу, на которую, по вашему мнению, вы смотрите.