В соответствии с документацией, как Region, так и Pane будут изменять размер любых изменяемых размеров дочерних узлов до их предпочтительного размера, но не будут их изменять.
Итак, я не вижу, где сохраняются различия между этими двумя контейнерами и когда они используются.
Region является суперклассом для компонентов, у которых есть дочерние узлы.
Разница в том, что Region не позволяет манипулировать своими дочерними элементами с помощью API. Метод Region.getChildren() защищен, поэтому вы не можете его использовать:
new Region().getChildren().add(...); // doesn't compile
new Pane().getChildren().add(...); // works
Почему?
Потому что Region предназначен для разработчиков компонентов, и он позволяет им выбирать, разрешать ли пользователям API работать с детьми напрямую (например, Pane, HBox и т.д.) или нет (например, диаграммы).