Юг запускает миграцию для каждого приложения не в порядке миграции при создании. Это может вызвать некоторую проблему с зависимостями между миграциями. Иногда ему нужно было добавить атрибут depend_on для класса миграции.
Можно ли запустить юг-миграцию, чтобы они были созданы? А также, кто знает, почему юг делает это таким образом?
Юг не знает, в каком порядке вы создали миграции между несколькими приложениями. Он мог бы смотреть на метаданные файловой системы, но это ужасно нарушалось бы с сторонними приложениями, установленными через диспетчер пакетов или при развертывании вашего приложения.
Атрибуты depends_on и needed_by, которые сделаны именно для этого варианта использования, поэтому используйте их для этого. См. Также http://south.readthedocs.io/en/latest/dependencies.html.