Что такое эквивалент knitr `R CMD Sweave myfile.rnw`?

Ответ 1

Общее решение (работает независимо от версии R):

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')"

Так как R 3.1.0, R CMD Sweave начал поддерживать не-Sweave документы (хотя название команды звучит немного странно), и вам нужно всего лишь указать механизм виньетки в вашем документе, например

%\VignetteEngine{knitr::knitr}

Чтобы увидеть возможные двигатели виньет в knitr, используйте

library(knitr)
library(tools)
names(vignetteEngine(package = 'knitr'))
# "knitr::rmarkdown" "knitr::knitr" "knitr::docco_classic" "knitr::docco_linear"

Ответ 2

У меня есть knitme.R script:

library(knitr)
render_html()
source("hooks.R") # mods to defaults
inFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[1]
outFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[2]
knit(inFile,output=outFile)

поэтому я могу сделать

Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET

Где $SOURCE и $TARGET соответствуют требованиям.

Вы могли бы также интегрировать это в Make, поэтому у вас было правило, что все, что вам нужно было сделать, это:

make myfile.html

и он перейдет к myfile.Rhtml и создаст файл HTML. Откорректируйте PDF из .Rnw

Я использую его с SCons вместо Make, поэтому у меня есть файл Sconscript, который немного сложнее (отчасти потому, что Я только начал учиться использовать SCons, так что это может быть немного круто)

env=Environment()
bld = Builder(action = '/usr/bin/Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET',
              suffix='.html',
              src_suffix='Rhtml')
env.Append(BUILDERS = {'Knit' : bld})
env.Knit(source='test.Rhtml',target='test.html')

Тогда все, что мне нужно сделать, это:

scons test.html

и я получаю test.html, построенный из test.Rhtml, если test.Rhtml изменился.

Все это часть файла Sconstruct, который создает весь веб-сайт и копирует его на сервер на основе всех других зависимостей.

Теперь дрейфует не по теме...

Ответ 3

Чтобы добавить к другим ответам, если вы хотите вязать/визуализировать файл и открыть вывод в одной строке, вы можете использовать:

Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')" & open file.pdf

Я предпочитаю делать все в одной строке, потому что проще работать как многократно используемая команда Vim.

Вы также можете заменить open на конкретное приложение, если вы хотите использовать свою систему не по умолчанию. Я обычно использую это, если я нахожусь в Windows и хочу использовать Sumatra для перезаписывания выводимого в настоящее время файла PDF (поэтому мне не нужно забывать закрывать его каждый раз).

Ответ 4

R CMD knit file.Rmd

- это прямой эквивалент R CMD Sweave file.Rmd

В последнее время существуют расширенные функции в rmarkdown и knitr для такого рода грязной работы. Для слайдов я использую заголовок YAML Rmarkdown для обозначения предполагаемого формата вывода, а основная строка командной строки, например

R -e "library(rmarkdown); render(\"file.Rmd\")"