Установка RODBC на OS X Yosemite

При установке R-пакета RODBC в RStudio в OS X Yosemite я получаю следующую ошибку:

configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found"

Это распространенная ошибка и указывает, что драйверы ODBC не установлены (заголовки iODBC не включены в OS 10.9, поэтому требуется отдельная установка). Таким образом, я устанавливаю unixODBC и подтверждаю, что файлы заголовков присутствуют в PATH.

Sys.getenv("PATH") дает мне правильный путь, включая, где находятся два файла.

Однако, когда я снова пытаюсь install.packages("RODBC",type = "source"), та же ошибка сохраняется. Протестируйте это с помощью iODBC, а также с unixODBC.

Есть ли какие-либо другие тесты, которые я могу выполнить, чтобы помочь диагностировать проблему?

Ответ 1

У нас есть группа систем Yosemite с R 3.1.2, которые все обновлены с помощью инструментов командной строки Xcode и Xcode. Следующие последовательно работают с каждым крупным обновлением R или новой системой (на терминале):

brew update && brew install unixODBC && \
  wget "http://cran.r-project.org/src/contrib/RODBC_1.3-10.tar.gz" && \
  R CMD INSTALL RODBC_1.3-10.tar.gz

Это (очевидно) требует Homebrew, но это то, что мы стандартизировали в нашем магазине.

По мере обновления RODBC будет изменен номер версии (1.3-10, 1.3-11,...). Чтобы узнать текущую версию, посмотрите https://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html.

Ответ 2

У меня есть 404 при вызове RODBC_1.3-10.tar.gz, поэтому я сделал небольшое изменение в script выше, и он отлично работал: brew обновление && & brew установить unixODBC && & wget " http://cran.r-project.org/src/contrib/RODBC_1.3-11.tar.gz" & && & && & R CMD INSTALL RODBC_1.3-11.tar.gz

Ответ 3

Я использую OS X Yosemite 10.10.5, R версию 3.2.2. Следуя нижеприведенным шагам, я могу заставить его работать.

brew install unixodbc
brew link unixodbc (если этот шаг отсутствует, R все еще не может найти эти файлы заголовков)
install.packages('RODBC', type='source')

Ответ 4

В моей операционной системе OS X Yosemite с unixODBC, установленным из MacPorts и R 3.3.2, install.packages() не удалось (будь то из репо или из архива, который я сохранил локально), но R CMD INSTALL RODBC_1.3-14.tar.gz выполнил задание.