Интерфейс MongoDB полностью изменился с предыдущего. Здесь вы можете увидеть официальную документацию с некоторыми примерами о том, как искать, вставлять и обновлять, но как насчет upserts?
Идея для мета: я пытался искать в google и на SO, но многие ресурсы относятся к старому интерфейсу. Может быть, было бы неплохо создать тег MongoLegacy.
Передайте экземпляр UpdateOptions в качестве параметра параметров в UpdateOneAsync(filter, update, options), например:
collection.UpdateOneAsync(p => p.Id == user.Id,
Builders<User>.Update.Set(p => p.Name, "John"),
new UpdateOptions { IsUpsert = true });
ИЗМЕНИТЬ
Чтобы заменить документ, вызовите ReplaceOneAsync вместо этого:
collection.ReplaceOneAsync(p => p.Id == user.Id,
user,
new UpdateOptions { IsUpsert = true });