Можно ли прекратить выполнение R-кода внутри блестящего (без остановки блестящего процесса)?

Ответ 1

Итак, другой ответ за пределами цикла: используйте дочерний процесс.

library(shiny)
library(parallel)

#
# reactive variables
# 
rVal <- reactiveValues()
rVal$process <- NULL
rVal$msg <- NULL
rVal$obs <- NULL
counter <- 0
results <- list()
dfEmpty <- data.frame(results = numeric(0))


#
# Long computation
#
analyze <- function() {
  out <- lapply(1:5, function(x) {
    Sys.sleep(1)
    rnorm(1)
})
  data.frame(results = unlist(out))
}

#
# Shiny app
#
shinyApp(
  ui = fluidPage(
    column(6,
      wellPanel(
        tags$label("Press start and wait 5 seconds for the process to finish"),
        actionButton("start", "Start", class = "btn-primary"),
        actionButton("stop", "Stop", class = "btn-danger"),
        textOutput('msg'),
        tableOutput('result')
        )
      ),
    column(6,
      wellPanel(
        sliderInput(
          "inputTest",
          "Shiny is responsive during computation",
          min = 10,
          max = 100,
          value = 40
          ),
        plotOutput("testPlot")
        ))),
  server = function(input, output, session)
  {
    #
    # Add something to play with during waiting
    #
    output$testPlot <- renderPlot({
      plot(rnorm(input$inputTest))
    })

    #
    # Render messages
    #
    output$msg <- renderText({
      rVal$msg
    })

    #
    # Render results
    #
    output$result <- renderTable({
      print(rVal$result)
      rVal$result
    })

    #
    # Start the process
    #
    observeEvent(input$start, {
      if (!is.null(rVal$process))
        return()
      rVal$result <- dfEmpty
      rVal$process <- mcparallel({
        analyze()
      })

      rVal$msg <- sprintf("%1$s started", rVal$process$pid)

    })


    #
    # Stop the process
    #
    observeEvent(input$stop, {
      rVal$result <- dfEmpty
      if (!is.null(rVal$process)) {
        tools::pskill(rVal$process$pid)
        rVal$msg <- sprintf("%1$s killed", rVal$process$pid)
        rVal$process <- NULL

        if (!is.null(rVal$obs)) {
          rVal$obs$destroy()
        }
      }
    })

    #
    # Handle process event
    #
    observeEvent(rVal$process, {
      rVal$obs <- observe({
        invalidateLater(500, session)
        isolate({
        result <- mccollect(rVal$process, wait = FALSE)
        if (!is.null(result)) {
          rVal$result <- result
          rVal$obs$destroy()
          rVal$process <- NULL
        }
      })
      })
    })
  }
  )

изменить

См. также:

• shiny-discuss: дочерний процесс
• asynchronous-command-dispatch-in-interactive-r

Ответ 2

При условии, что вы можете разделить вычисления с большими нагрузками на несколько частей или получить доступ к той части кода, которая участвует в вычислении, вы можете вставить часть выключателя. Я реализовал это в Shiny app, который прислушивается к нажатию кнопки, прежде чем продолжить остаток вычислений. Вы можете запустить приложение из R на

library(shiny)
runGitHub("romunov/shinyapps", subdir = "breaker")

или скопируйте/вставьте код в server.R и ui.R и запустите его с помощью runApp().

#ui.R
library(shiny)

shinyUI(fluidPage(

  titlePanel("Interrupting calculation"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      sliderInput(inputId = "num.rows", 
                  label = "Generate number of rows",
                  min = 1e1,
                  max = 1e7,
                  value = 3e3),
      actionButton(inputId = "ok", label = "Stop computation")
    ),
    mainPanel(
      verbatimTextOutput("result")
    )
  )
))

#server.R
library(shiny)

shinyServer(function(input, output) {
  initial.ok <- 0

  part1 <- reactive({
    nr.f <- floor(input$num.rows/2)
    out1 <- data.frame(col = sample(letters[1:5], size = nr.f, 
                                    replace = TRUE), 
                       val = runif(nr.f))
    out1
  })

  part2 <- reactive({

    nr.c <- ceiling(input$num.rows/2)
    out2 <- data.frame(col = sample(letters[1:5], size = nr.c, 
                                    replace = TRUE),
                       val = runif(nr.c))
    out2
  })

  output$result <- renderPrint({

    out1 <- part1()

    if (initial.ok < input$ok) {
      initial.ok <<- initial.ok + 1
      stop("Interrupted")
    }

    out2 <- part2()
    out <- rbind(out1, out2)

    print("Successful calculation")
    print(str(out))
  })
})

Ответ 3

Как насчет httpuv:: service()?

library(shiny)
analyze <- function(session=shiny::getDefaultReactiveDomain()){
  continue = TRUE
  lapply(1:100, function(x) {
    if(continue){
      print(x)
      Sys.sleep(1)
      # reload inputs
      httpuv:::service()
      continue <<- !isTRUE(session$input$stopThis)
    }
  }
  )
}

shinyApp(
  ui = fluidPage(
    actionButton("start","Start",class="btn-primary", onclick="Shiny.onInputChange('stopThis',false)"),
    actionButton("stop","Stop",class="btn-danger", onclick="Shiny.onInputChange('stopThis',true)")
  ),
  server = function(input, output, session) {
    observeEvent(input$start, {
      analyze()
    })
  }
)

Ответ 4

возможно, также не совсем то, что вы ищете, но может сделать трюк (по крайней мере, на могучем Linux). Для меня это работает так, как я хочу, так как я использую сценарии bash, которые запускаются R блестящими, и я хочу, чтобы их можно было прервать. Итак, как насчет размещения вашего R-кода в script и запускать script с помощью системной команды?

В приведенном ниже примере я просто использую простой манекен bash script, который запускает команду спящего режима, а первый аргумент CL - это количество сна. Все, что находится ниже 10 секунд, не принимается и помещает статус выхода в 1. Кроме того, я получаю некоторый вывод в файле журнала, который я могу контролировать, и, следовательно, прогресс в реальном времени.

Надеюсь, вы найдете это полезным.

library(shiny)

ui <- fluidPage(

# we need this to send costumized messages
tags$head(tags$script(HTML('Shiny.addCustomMessageHandler("jsCode",function(message) {eval(message.value);});'))),

# Sidebar with a slider input for number of bins 
sidebarLayout(
sidebarPanel(

    textInput("duration", "How long you want to wait?"),hr(),
    p("Are you experienced?"),
    actionButton("processbtn", "Yes"),hr(),
    p("Show me what going on"),
    actionButton("logbtn", "Show me by clicking here."),hr(),
    p("Tired of being experienced?"),
    actionButton("abortbtn", "Yes")

    ), # close sidebar panel 

  # Show a plot of the generated distribution
  mainPanel(
     textOutput("outText"),hr(),
     verbatimTextOutput("outLog")
  ) # close mainpanel
 ) # close sidebar
) # close fluidpage

#------SERVER------------

# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output, session) {

# our reactive values that change on button click by the observe functions below
values <- reactiveValues(process = 0, abort = 0, log = 0)

observeEvent(input$processbtn, {
  values$process = 1
  values$abort = 0
  values$log = 0
})

observeEvent(input$abortbtn, {
  values$process = 0
  values$abort = 1
})

observeEvent(input$logbtn, {
   values$log = 1
})

current_state = function(exitfile) {
# get the pid
pid = as.integer(system2("ps", args = "-ef | grep \"bash ~/dummy_script.sh\" | grep -v grep | awk '{print $2}'", stdout = TRUE))
print(pid)

if (length(pid) > 0)
 return("RUNNING")

if (file.exists(exitfile))
 return("TERMINATED")

return("NOT_STARTED")
} 

start_function = function(exitfile) {
 if(input$duration == "") {
  end_message="The text input field is empty!"
  js_string <- 'alert("SUCCESS");'
  js_string <- sub("SUCCESS",end_message,js_string)
  session$sendCustomMessage(type='jsCode', list(value = js_string)) 
  values$process = 0
  return("NOT_STARTED")

 } else { # all checks are fine. send a message and start processing
    end_message="We start waiting, yeah!!!"
   js_string <- 'alert("SUCCESS");'
   js_string <- sub("SUCCESS",end_message,js_string)
   session$sendCustomMessage(type='jsCode', list(value = js_string))  

 # here we execute the outsourced script and
 # write the exit status to a file, so we can check for that and give an error message
 system(paste("( bash ~/dummy_script.sh", input$duration,"; echo $? >", exitfile, ")"), wait = FALSE)
 return("RUNNING")
 }  
}

on_terminated = function(exitfile) {
  # get the exit state of the script
  status = readLines(exitfile)
  print(status)
  # we want to remove the exit file for the next run
  unlink(exitfile, force = TRUE)

  # message when we finished
  if ( status != 0 ){
    end_message="Duration is too short."
    js_string <- 'alert("SUCCESS");'
    js_string <- sub("SUCCESS",end_message,js_string)
    session$sendCustomMessage(type='jsCode', list(value = js_string))
  }
  else {
    end_message="Success"
    js_string <- 'alert("SUCCESS");'
    js_string <- sub("SUCCESS",end_message,js_string)
    session$sendCustomMessage(type='jsCode', list(value = js_string))
  }
  values$process = 0
}

# our main processing fucntion
output$outText = renderText({
   # trigger processing when action button clicked
   if(values$process) {

    # get the homefolder
     homedir=Sys.getenv("HOME")

     # create the path for an exit file (we'll need to evaluate the end of the script)
     exitfile=file.path(homedir, "dummy_exit")
     print(exitfile)

     state = current_state(exitfile) # Can be NOT_STARTED, RUNNING, COMPLETED
     print(state)
     if (state == "NOT_STARTED")
        state = start_function(exitfile)

     if (state == "RUNNING")
        invalidateLater(2000, session = getDefaultReactiveDomain())

     if (state == "TERMINATED")
        on_terminated(exitfile)



   # Abort processing
   } else
   if(values$abort) {
      pid = as.integer(system2("ps", args = "-ef | grep \"bash ~/dummy_script.sh\" | grep -v grep | awk '{print $2}'", stdout = TRUE))
    print(pid)
    system(paste("kill", pid), wait = FALSE)
   }

 }) # close renderText function 

 output$outLog = renderText({

 if(values$log) {

   homedir=Sys.getenv("HOME")
   logfile=file.path(homedir, "/dummy_log")

 if(file.exists(logfile)){
   invalidateLater(2000)
   paste(readLines(logfile), collapse = "\n")
 }
 else {
   print("Nothing going on here")
 }
}

})


} # close server

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)